PDB-2iew: Crystal structure of Inositol Phosphate Multikinase Ipk2 from S. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iew

タイトル

Crystal structure of Inositol Phosphate Multikinase Ipk2 from S. cerevisiae

要素

Inositol polyphosphate multikinase

キーワード

TRANSFERASE / ATP-grasp fold related

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of IPs in the nucleus / inositol-polyphosphate multikinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / regulation of arginine metabolic process / inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Holmes, W. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of inositol phosphate multikinase 2 and implications for substrate specificity.
著者: Holmes, W. / Jogl, G.

履歴

登録	2006年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iew.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iew.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2if8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lgz-d 2if8-1 6s0t-6 3t6a-2 3d9w-3 4ovl-d 6idw-4 6idw-1 1v93-d 2if8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol polyphosphate multikinase

B: Inositol polyphosphate multikinase

ヘテロ分子

83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inositol polyphosphate multikinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inositol polyphosphate multikinase

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.510, 186.510, 50.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

詳細

The asu contains two independent monomers.

#1: タンパク質	Inositol polyphosphate multikinase / IPMK / Arginine metabolism regulation protein III 分子量: 41473.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: IPK2 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: P07250, inositol-polyphosphate multikinase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100mM HEPES pH7.7, 200mM CaCl2, 28% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 58988 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.998→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 9.371 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25293	4868	7.6 %	RANDOM
R_work	0.20775	-	-	-
obs	0.21123	58988	93.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4204	0	1	471	4676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.983	5764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.211	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.112	24.714	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.262	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.332	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.858	1.5	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.497	2	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.899	3	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.938	4.5	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	316	-
R_work	0.279	3890	-
obs	-	3890	85.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7231	0.7443	0.5355	0.5832	0.5103	0.8291	0.0179	-0.0458	-0.1508	0.0334	-0.0107	-0.0591	0.0381	-0.2725	-0.0071	-0.1171	0.0227	0.0078	0.1574	-0.0038	-0.036	14.5953	74.2339	48.1523
2	0.3885	0.0365	-0.111	0.3545	-0.1142	0.7261	0.0247	-0.0001	-0.0247	-0.0299	-0.0537	-0.0746	0.029	-0.0651	0.029	-0.0682	0.0707	0.0011	0.0503	-0.0036	-0.0344	32.3466	80.5577	40.4509
3	5.8035	1.7224	-1.2913	3.3774	-2.5888	3.1516	0.0824	-0.4625	-0.3846	0.1981	0.0128	-0.1642	0.016	0.0185	-0.0952	-0.0617	0.0588	-0.0652	0.0689	0.0727	-0.0233	36.0766	70.4162	59.3852
4	1.2591	-0.904	-0.2055	4.3992	-0.0866	1.1142	0.1369	0.0844	0.2084	-0.7195	-0.1154	-0.051	-0.196	-0.0769	-0.0215	0.1702	0.1717	0.0555	-0.0689	0.0525	-0.0773	33.6436	123.0058	37.429
5	0.3769	-0.2791	0.041	1.7376	-0.1709	0.8746	0.0391	0.027	0.0287	0.1308	-0.0597	-0.1234	-0.1085	-0.1121	0.0206	0.0358	0.1099	0.0224	-0.0482	0.0064	-0.0571	36.3608	111.2702	53.9611
6	4.3824	1.5417	-0.2293	5.3059	-4.5789	8.2725	0.2798	0.3369	0.2247	-0.197	-0.5301	-0.9329	0.0749	0.89	0.2503	-0.1425	0.1202	0.1517	0.0291	0.0997	0.2151	55.9201	113.7023	44.3153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	26 - 118	26 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	127 - 134	127 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	165 - 355	165 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	135 - 164	135 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	26 - 118	26 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	127 - 134	127 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	165 - 355	165 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	135 - 164	135 - 164

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