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万見
- PDB-2id5: Crystal Structure of the Lingo-1 Ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2id5
タイトルCrystal Structure of the Lingo-1 Ectodomain
要素Leucine rich repeat neuronal 6A
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / CNS-specific LRR-Ig containing
機能・相同性
機能・相同性情報


Axonal growth inhibition (RHOA activation) / epidermal growth factor receptor binding / extracellular matrix / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat and immunoglobulin-like domain-containing nogo receptor-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.698 Å
データ登録者Mosyak, L. / Wood, A. / Dwyer, B. / Johnson, M. / Stahl, M.L. / Somers, W.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The structure of the Lingo-1 ectodomain, a module implicated in central nervous system repair inhibition.
著者: Mosyak, L. / Wood, A. / Dwyer, B. / Buddha, M. / Johnson, M. / Aulabaugh, A. / Zhong, X. / Presman, E. / Benard, S. / Kelleher, K. / Wilhelm, J. / Stahl, M.L. / Kriz, R. / Gao, Y. / Cao, Z. / ...著者: Mosyak, L. / Wood, A. / Dwyer, B. / Buddha, M. / Johnson, M. / Aulabaugh, A. / Zhong, X. / Presman, E. / Benard, S. / Kelleher, K. / Wilhelm, J. / Stahl, M.L. / Kriz, R. / Gao, Y. / Cao, Z. / Ling, H.P. / Pangalos, M.N. / Walsh, F.S. / Somers, W.S.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine rich repeat neuronal 6A
B: Leucine rich repeat neuronal 6A
C: Leucine rich repeat neuronal 6A
D: Leucine rich repeat neuronal 6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,59430
ポリマ－217,0934
非ポリマー10,50126
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)201.517, 149.720, 157.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 312分子 ABCD

#1: タンパク質
Leucine rich repeat neuronal 6A / Lingo-1


分子量: 54273.305 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracelullar portion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRN6A / プラスミド: pSMEG / Cell (発現宿主): Hampster Ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q96FE5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 4種, 26分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-L-Gulp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.4 M Am Sulfate, O.1 M Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.698→158.11 Å / Num. all: 122982 / Num. obs: 122982 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 61
反射 シェル解像度: 2.698→2.8 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.698→158.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 25.053 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 6536 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.216 129519 --
obs0.216 122982 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.45 Å20 Å20 Å2
2--6.26 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.698→158.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15122 0 689 308 16119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02216208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3012.0222091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11251879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09223.226744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.12152644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.81315142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.22638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.26258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.210832
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4181.59658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.736215273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16837166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0024.56817
LS精密化 シェル解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 453 -
Rwork0.326 8340 -
obs-8793 91.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3414-0.41460.5080.394-0.93214.7878-0.0446-0.0171-0.00880.1195-0.01640.0867-0.1964-0.07920.0611-0.24520.01140.0172-0.44350.0264-0.192757.241423.951836.9308
25.52441.3662-0.04840.80730.04661.12690.01820.35620.4417-0.00480.03610.1373-0.16540.0417-0.0544-0.25140.0174-0.0214-0.37710.082-0.269298.663629.3372-1.1511
30.08060.0416-0.02680.2623-0.02385.3873-0.0224-0.0840.13280.04110.0011-0.0826-0.34030.30720.0212-0.2463-0.1333-0.07110.0725-0.0307-0.1703138.783632.364640.8687
48.1310.36121.68430.60880.18242.7999-0.0109-1.08861.04070.1689-0.14830.0914-0.3675-0.56010.1592-0.0640.04250.0576-0.0898-0.2073-0.150297.452329.009978.5326
57.3834-6.46994.261717.4657-4.58864.27190.1667-0.3324-1.13041.23170.3516-0.11780.26970.0676-0.51820.16990.0139-0.03850.1802-0.00950.13372.71991.455285.2178
64.42362.3444-1.080714.4477-4.66483.96890.008-0.0826-0.62760.0087-0.04420.97760.8922-0.07630.03620.1996-0.0190.17760.0337-0.14570.153953.8362-0.58468.4563
76.22117.80752.3323.69794.71634.272-0.12560.1336-0.9646-1.30880.159-0.11660.27810.0829-0.03340.00370.0968-0.0299-0.04190.10390.03127.67296.416-7.471
83.2582-2.8742-0.78910.06753.47412.428-0.07430.1495-0.62490.46350.1327-0.54310.67510.0489-0.05840.1051-0.0673-0.03920.1976-0.01720.1026147.28338.289968.7305
92.22180.1647-0.10581.99710.06556.2769-0.02230.7210.1338-0.09130.07240.5818-0.1347-0.7349-0.05010.00120.0010.0010.0014-0.00130.001659.245620.304546.5831
104.87321.4884-1.06692.2693-0.23152.6394-0.19610.44980.9652-0.3750.3866-0.1954-0.45560.3003-0.19050.00140.0021-0.00160.0017-0.00520.002589.996326.87570.5756
113.24120.020.26511.6211.40664.8939-0.0744-0.67090.29860.04270.3125-0.4769-0.51920.4127-0.23820.0011-0.0002-0.00080.0002-0.00170.0004136.390630.386530.7429
125.4328-1.5818-0.90922.71180.71543.9706-0.0844-0.75321.16010.34160.50340.1899-0.7193-0.7712-0.41890.00080.0001-0.00010.00120.00160.0005107.633928.832974.3567
130.1135-0.00390.01830.0133-0.02270.18490.0167-0.0690.0977-0.0124-0.0120.0334-0.03310.031-0.00470.07770.03010.0205-0.4339-0.02630.001196.939223.92431.8379
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 3821 - 382
22BB3 - 3823 - 382
33CC2 - 3822 - 382
44DD3 - 3823 - 382
55AA383 - 477383 - 477
66BB383 - 475383 - 475
77CC383 - 477383 - 477
88DD383 - 476383 - 476
99AH - K485 - 4911
1010BO - Q486 - 4881
1111CV - X485 - 4871
1212DDA - AA487 - 4832
1313C - AGA - EA491 - 5721 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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