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- PDB-2ic9: The Coiled-coil Domain (residues 1-93) Structure of the Sin Nombr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ic9
タイトルThe Coiled-coil Domain (residues 1-93) Structure of the Sin Nombre Virus Nucleocapsid Protein
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Sin Nombre Virus / Hantavirus / Bunyaviridae / ssRNA negative-strand viruses / nucleocapsid protein / antiparallel coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus nucleocapsid protein / Hantavirus nucleocapsid protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sin Nombre virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Boudko, S.P. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Coiled-coil Domain Structure of the Sin Nombre Virus Nucleocapsid Protein.
著者: Boudko, S.P. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4002
ポリマ－21,4002
非ポリマー00
水1,65792
1
A: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7001
ポリマ－10,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7001
ポリマ－10,7001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.774, 42.647, 57.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein


分子量: 10700.089 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues: 1-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sin Nombre virus (ウイルス) / 属: Hantavirus / 株: Convict Creek 107 virus / 遺伝子: nucleocapsid protein / プラスミド: pET23d(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81930, UniProt: Q89462*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M potassium bromide, 0.1 M Tris-HCl, 34% PEG mono-methyl ether (PEG MME) 200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Bent cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 12283 / Num. obs: 12165 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1194 / Rsym value: 0.248 / Χ2: 1.181 / % possible all: 99

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.517 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.38
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IC6, chain A

2ic6


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 6.892 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1235 10.2 %RANDOM
Rwork0.247 ---
all0.257 12263 --
obs0.257 12141 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.24 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 0 92 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0221136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.44421526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7025143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.10725.09453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.33715238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2640.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5541.5760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35721158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9833424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8394.5368
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 85 -
Rwork0.302 786 -
obs-871 98.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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