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- PDB-2ibt: Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ibt
タイトルCrystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position and an abasic site analog at the target base partner position
要素
  • 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'
  • Modification methylase TaqI
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA / DNA methyltransferase / 2-aminopurine / abasic site analog / base flipping / nucleotide flipping / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. ...Adenine-n6-DNA-methyltransferase Taqi, Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, TaqI class, C-terminal / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / Type II restriction enzyme and methyltransferase RM.Eco57I-like / Eco57I restriction-modification methylase / : / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE / DNA / Type II methyltransferase M.TaqI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lenz, T. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: 2-Aminopurine Flipped into the Active Site of the Adenine-Specific DNA Methyltransferase M.TaqI: Crystal Structures and Time-Resolved Fluorescence
著者: Lenz, T. / Bonnist, E.Y.M. / Pljevaljcic, G. / Neely, R.K. / Dryden, D.T.F. / Scheidig, A.J. / Jones, A.C. / Weinhold, E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the N6-adenine DNA methyltransferase M.TaqI in complex with DNA and a cofactor analog
著者: Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Differential binding of S-adenosylmethionine S-adenosylhomocysteine and Sinefungin to the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI
著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
A: Modification methylase TaqI
D: Modification methylase TaqI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,11815
ポリマ－107,8206
非ポリマー1,2979
水18,7541041
1
B: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
A: Modification methylase TaqI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5137
ポリマ－53,9103
非ポリマー6034
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'
D: Modification methylase TaqI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6058
ポリマ－53,9103
非ポリマー6955
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.339, 68.699, 114.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains two independent biological assemblies, each consisting of M.TaqI, DNA and cofactor analog AETA.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*CP*GP*(2PR)P*TP*GP*TP*C)-3'


分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*AP*(3DR)P*CP*GP*(6MA)P*AP*C)-3'


分子量: 2927.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#3: タンパク質 Modification methylase TaqI / Adenine-specific methyltransferase TaqI / M.TaqI


分子量: 47931.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 株: YT1 / 遺伝子: taqIM / プラスミド: PA1/MTAQ-A49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267
参照: UniProt: P14385, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

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非ポリマー , 3種, 1050分子

#4: 化合物 ChemComp-NEA / 5'-DEOXY-5'-[2-(AMINO)ETHYLTHIO]ADENOSINE


分子量: 326.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N6O3S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium ...詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium cacodylate, pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris/HCl11
2NaCl11
3KCl11
4MgCl211
5isopropanol11
6sodium cacodylate11
7H2O11
8Tris/HCl12
9NaCl12
10KCl12
11MgCl212
12sodium cacodylate12
13H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.92 Å / Num. all: 100843 / Num. obs: 98855 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.51
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 15379 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ProDCデータ収集
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G38

1g38


解像度: 1.7→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.948 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20322 4943 5 %RANDOM
Rwork0.16687 ---
all0.1687 100769 --
obs0.1687 98855 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6378 792 86 1041 8297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4592.10810415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1115784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.99222.215298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.423151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4521554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2845
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.54037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29426352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94634324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9594.54063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 358 -
Rwork0.244 6800 -
obs-7158 97.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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