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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ibt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position and an abasic site analog at the target base partner position | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA / DNA methyltransferase / 2-aminopurine / abasic site analog / base flipping / nucleotide flipping / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lenz, T. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 2-Aminopurine Flipped into the Active Site of the Adenine-Specific DNA Methyltransferase M.TaqI: Crystal Structures and Time-Resolved Fluorescence 著者: Lenz, T. / Bonnist, E.Y.M. / Pljevaljcic, G. / Neely, R.K. / Dryden, D.T.F. / Scheidig, A.J. / Jones, A.C. / Weinhold, E. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of the N6-adenine DNA methyltransferase M.TaqI in complex with DNA and a cofactor analog 著者: Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E. #2: ![]() タイトル: Differential binding of S-adenosylmethionine S-adenosylhomocysteine and Sinefungin to the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI 著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two independent biological assemblies, each consisting of M.TaqI, DNA and cofactor analog AETA. |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#1: DNA鎖 | 分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites #2: DNA鎖 | 分子量: 2927.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#3: タンパク質 | 分子量: 47931.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P14385, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) |
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-非ポリマー , 3種, 1050分子 ![](data/chem/img/NEA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium ...詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium cacodylate, pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.92 Å / Num. all: 100843 / Num. obs: 98855 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.51 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 15379 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1G38 解像度: 1.7→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.948 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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