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- PDB-2iad: CLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH AN INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iad
タイトルCLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH AN INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE 126-138
要素(MHC CLASS II I-AD) x 2
キーワードMHC II / CLASS II MHC I-AD
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / multivesicular body ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / multivesicular body / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / external side of plasma membrane / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Scott, C.A. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of two I-Ad-peptide complexes reveal that high affinity can be achieved without large anchor residues.
著者: Scott, C.A. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Engineering Protein for X-Ray Crystallography: The Murine Major Histocompatibility Complex Class II Molecule I-Ad
著者: Scott, C.A. / Garcia, K.C. / Stura, E.A. / Peterson, P.A. / Wilson, I.A. / Teyton, L.
#2: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 1996
タイトル: Role of Chain Pairing for the Production of Functional Soluble Ia Major Histocompatibility Complex Class II Molecules
著者: Scott, C.A. / Garcia, K.C. / Carbone, F.R. / Wilson, I.A. / Teyton, L.
履歴
登録1998年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS II I-AD
B: MHC CLASS II I-AD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7092
ポリマ－45,7092
非ポリマー00
水2,054114
1
A: MHC CLASS II I-AD
B: MHC CLASS II I-AD

A: MHC CLASS II I-AD
B: MHC CLASS II I-AD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4174
ポリマ－91,4174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.200, 100.200, 53.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS II I-AD


分子量: 22091.631 Da / 分子数: 1
断片: RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B ARE COVALENTLY LINKED INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C / 細胞株: S2 / 断片: RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B / 器官: TAIL / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P04228
#2: タンパク質 MHC CLASS II I-AD


分子量: 23617.074 Da / 分子数: 1
断片: RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B ARE COVALENTLY LINKED INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: S2 / 断片: RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B / 器官: TAIL / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01921
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 19% PEG 8000 0.2 M TRIS, PH 7.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-9 mg/mlprotein1drop
219 %PEG80001reservoir
30.2 MTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: 58 CM LONG, PT-COATED, FUSED SILICA, VERTICAL FOCUS
放射モノクロメーター: CYLINDRICALLY BENT TRIANGULAR SI(111) ASYMMETRIC CUT, HORIZONTAL FOCUS
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→24 Å / Num. obs: 22555 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 88
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. unique obs: 2820

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLH

1dlh


解像度: 2.4→24 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 2241 10 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 22555 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 0 114 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 280 10 %
Rwork0.356 2540 -
obs--88 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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