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- PDB-2i8u: GDP-mannose mannosyl hydrolase-calcium-GDP product complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i8u
タイトルGDP-mannose mannosyl hydrolase-calcium-GDP product complex
要素GDP-mannose mannosyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix enzyme / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose mannosyl hydrolase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose mannosyl hydrolase, Enterobacteria / GDP-mannose mannosyl hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...GDP-mannose mannosyl hydrolase, Enterobacteria / GDP-mannose mannosyl hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP-mannose mannosyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zou, Y. / Li, C. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for substrate selectivity and specificity by an LPS biosynthetic enzyme
著者: Zou, Y. / Li, C. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K.
履歴
登録2006年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose mannosyl hydrolase
B: GDP-mannose mannosyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6566
ポリマ－38,6892
非ポリマー9674
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area13580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.588, 81.151, 97.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological assembly is a dimer which is present as an NCS unit in the crystallographic asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 GDP-mannose mannosyl hydrolase


分子量: 19344.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O128 / 遺伝子: gmm / プラスミド: pET-14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6XQ58
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10-20% PEG 4000 200 mM sodium acetate 100 mM HEPES, pH 8.0 harvested 72 hours after growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 77746 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique all: 7466 / Χ2: 0.918 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→38.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.249 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.164 5598 7.2 %RANDOM
Rwork0.14 ---
all0.142 ---
obs0.142 77674 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 58 557 3063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0222576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.9623512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04934128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8895296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.22422.958142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.66115386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9291524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.3437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.31846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.51236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.51339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.5625
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1310.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.38
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3730.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9281.51527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.151.5602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41332380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15921239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.68631132
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.48325087
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.92435559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.841354230
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.158 389 -
Rwork0.123 5057 -
obs-5446 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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