PDB-2i8t: GDP-mannose mannosyl hydrolase-calcium-GDP-mannose complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i8t

タイトル

GDP-mannose mannosyl hydrolase-calcium-GDP-mannose complex

要素

GDP-mannose mannosyl hydrolase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Nudix enzyme /

lipopolysaccharide (リポ多糖)

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-mannose mannosyl hydrolase activity /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zou, Y. / Li, C. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Molecular basis for substrate selectivity and specificity by an LPS biosynthetic enzyme
著者: Zou, Y. / Li, C. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K.

履歴

登録	2006年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i8t.cif.gz	161.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i8t.ent.gz	127 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/2i8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i8uC 2i8o PDB 未公開エントリ 2i8p PDB 未公開エントリ 2i8q PDB 未公開エントリ 2i8r PDB 未公開エントリ 2i8s PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i8u-d 1rya-d 1wly-d 5ejl-d 5nle-2 7b3v-d 5nwz-1 3t7f-d 2eqa-d 6kzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GDP-mannose mannosyl hydrolase

B: GDP-mannose mannosyl hydrolase

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.636, 81.586, 98.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Biological assembly is a dimer which is present as an NCS unit in the crystallographic asymmetric unit

#1: タンパク質	GDP-mannose mannosyl hydrolase 分子量: 19344.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O128 / 遺伝子: gmm / プラスミド: pET-14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6XQ58
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / GDP-マンノ-ス / Guanosine diphosphate mannose 分子量: 605.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₆P₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10-20% PEG 4000 200 mM sodium acetate 100 mM HEPES, pH 8.0 harvested immediately after growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 18.1 / 数: 371503 / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 94585 / % possible obs: 95.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.8	50	96.6	1	0.028	0.995	4.4
2.22	2.8	98.1	1	0.05	1.134	4.5
1.94	2.22	98	1	0.035	1.054	4.5
1.76	1.94	98.4	1	0.04	1.019	4.5
1.64	1.76	98.6	1	0.053	0.987	4.4
1.54	1.64	98.6	1	0.068	0.98	4.4
1.46	1.54	98.3	1	0.094	1.047	4.3
1.4	1.46	97.7	1	0.12	1.106	3.7
1.35	1.4	92.5	1	0.143	1.082	2.4
1.3	1.35	81.2	1	0.149	0.961	1.9

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 94585 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29

反射シェル

解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Num. unique all: 7936 / % possible all: 81.2

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.44 Å	42.41 Å
Translation	1.44 Å	42.41 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→42.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.195 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.174	6806	7.2 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
all	0.153	-	-	-
obs	0.153	94526	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2448	0	92	593	3133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.022	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.975	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	3	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.82	5	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.391	22.958	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.016	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.54	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.3	438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.3	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.5	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.114	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.098	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.3	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.875	1.5	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.146	1.5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.298	3	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.112	2	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.586	3	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.469	2	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.806	35	595
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.705	35	4286

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	421	-
R_work	0.175	5152	-
obs	-	5573	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)