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万見
- PDB-2i6u: Crystal Structure of Ornithine Carbamoyltransferase complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i6u
タイトルCrystal Structure of Ornithine Carbamoyltransferase complexed with Carbamoyl Phosphate and L-Norvaline from Mycobacterium tuberculosis (Rv1656) at 2.2 A
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / ornithine carbamyoltransferase / Carbamoyl phosphate / L-Norvaline / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / NORVALINE / Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sankaranarayanan, R. / Moradian, F. / Cherney, L.T. / Garen, C. / Cherney, M.M. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structures of ornithine carbamoyltransferase from Mycobacterium tuberculosis and its ternary complex with carbamoyl phosphate and L-norvaline reveal the enzyme's catalytic mechanism
著者: Sankaranarayanan, R. / Cherney, M.M. / Cherney, L.T. / Garen, C.R. / Moradian, F. / James, M.N.
履歴
登録2006年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE VAL1 IS IN THE PROTEIN SEQUENCE LISTED AT THE TB CONSORTIUM WEBSITE UNDER THE ACCESSION CODE RV1656.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,44714
ポリマ－99,1933
非ポリマー1,25511
水10,305572
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-98.3 kcal/mol
Surface area30800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.149, 99.149, 463.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Assymetric Unit of the crystal contains Trimer which is the Biological entity

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要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 33064.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: argF, Rv1656, MT1694, MTCY06H11.21 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A5M8, UniProt: P9WIT9*PLUS, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P
#4: 化合物 ChemComp-NVA / NORVALINE / ノルバリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Magnesium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 8% PEG 400, 3% ethanol, 3mM L-Norvaline, 3mM Carbamoyl phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979462 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymetric cut 12.2 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979462 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.568 Å / Num. all: 69827 / Num. obs: 51538 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2981 / % possible all: 43.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FB5

1fb5


解像度: 2.2→49.568 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.93 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23887 2592 5 %RANDOM
Rwork0.17561 ---
obs0.17879 48946 73.81 %-
all-51719 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0.57 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6978 0 73 572 7623
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.9659747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2655918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.21223.486327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.276151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5481569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.33547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.54857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.5937
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.54693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.527350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50332706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.034.52397
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 115 -
Rwork0.221 2060 -
obs--43.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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