PDB-2i5u: Crystal structure of DnaD domain protein from Enterococcus faecal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i5u

タイトル

Crystal structure of DnaD domain protein from Enterococcus faecalis. Structural genomics target APC85179

要素

DnaD domain protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / DnaD domain protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

YhfZ, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / DnaD domain-like / DnaD domain / DnaD-like domain superfamily / Replication initiation and membrane attachment / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wu, R. / Zhang, R. / Bargassa, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: 1.5 A crystal structure of a DnaD domain protein from Enterococcus Faecalis
著者: Wu, R. / Zhang, R. / Bargassa, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i5u.cif.gz	27.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i5u.ent.gz	20.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i5u_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i5u_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	2i5u_validation.xml.gz	6.5 KB	表示
CIF形式データ	2i5u_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ttb-d 6gc5-6 3zij-1 1cb1-d 1hpj-d 2rhf-d 2ams-d 6osn-d 2bps-2 1pk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC85179

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DnaD domain protein

ヘテロ分子

9.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.795, 48.795, 32.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

This protein exists as monomer

#1: タンパク質	DnaD domain protein 分子量: 9684.436 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 158-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: DnaD / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q830E8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 25% PEG3350, pH 5.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97835 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月26日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97835 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 22919 / Num. obs: 22919 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 32.68
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 1078 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→34.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.983 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22702	596	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17957	-	-	-
all	0.18175	11725	-	-
obs	0.18175	11725	98.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	625	0	1	94	720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.02	1.911	913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.525	3	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.773	5	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.427	25.556	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.634	15	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.771	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.299	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.303	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.072	1.5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.193	1.5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.221	2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.271	3	315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.187	4.5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	49	-
R_work	0.237	742	-
obs	-	-	87.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4856	0.0168	0.1453	1.2532	0.4035	0.852	-0.1129	-0.1466	-0.0979	0.0879	-0.0371	0.2515	0.0847	-0.0687	0.15	-0.0507	-0.0039	0.0071	-0.0293	-0.0198	0.0435	7.631	18.293	25.199
2	4.1867	-0.2307	-0.3617	2.095	0.3465	1.2231	-0.0563	0.1716	-0.2835	-0.2566	-0.0498	0.2593	-0.0102	-0.1001	0.1061	-0.0257	0.0081	-0.0368	-0.0158	-0.0225	0.0058	7.911	15.823	15.884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-1 - 33	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 75	36 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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