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- PDB-2i5s: Crystal structure of onconase with bound nucleic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5s
タイトルCrystal structure of onconase with bound nucleic acid
要素
  • 5'-D(*A*(DU)P*GP*A)-3'
  • P-30 protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Onconase / P-30 protein / ribonuclease / anti-tumor / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein P-30
類似検索 - 構成要素
生物種Rana pipiens (カエル)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bae, E. / Lee, J.E. / Raines, R.T. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for catalysis by onconase.
著者: Lee, J.E. / Bae, E. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
履歴
登録2006年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: P-30 protein
A: 5'-D(*A*(DU)P*GP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0462
ポリマ－13,0462
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.229, 26.101, 32.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-252-

HOH

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要素

#1: タンパク質 P-30 protein / Onconase


分子量: 11845.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana pipiens (カエル) / 遺伝子: RNP30_RANPI / プラスミド: pET 22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22069, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 5'-D(*A*(DU)P*GP*A)-3'


分子量: 1200.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.186596 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.003 M SINGLE-STRANDED DNA OLIGOMER) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH WELL SOLUTION (25% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 7.5) CRYO-PROTECTED WITH WELL SOLUTION ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.003 M SINGLE-STRANDED DNA OLIGOMER) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH WELL SOLUTION (25% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 7.5) CRYO-PROTECTED WITH WELL SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Hepes11
3ethylene glycol11
4HOH11
5PEG 335012
6Hepes12
7ethylene glycol12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月2日 / 詳細: MONTEL OPTICS
放射モノクロメーター: Graded Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→64.6145 Å / Num. obs: 9270 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.84 % / Rmerge(I) obs: 0.1249 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
1.9-1.953.320.51722.5262495.9
1.95-24.420.45973.26634100
2-2.054.530.35453.97556100
2.05-2.154.730.31934.38936100
2.15-2.255.130.29845.15797100
2.25-2.355.990.26376.7696100
2.35-2.456.980.26227.43562100
2.45-2.557.920.2478.31471100
2.55-2.79.650.230810.22615100
2.7-2.8511.20.206312.58471100
2.85-3.0512.60.175214.74509100
3.05-3.315.090.145519.26490100
3.3-3.6518.540.115527.01471100
3.65-4.2520.650.089931.14497100
4.25-5.4521.130.076332.72471100
5.45-64.614520.550.079530.8447099.8

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.569 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.23
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å32.49 Å
Translation3 Å32.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SAINTデータ削減
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1ONC

1onc


解像度: 1.9→32.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.165 / SU B: 3.248 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 441 4.778 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.181 ---
obs0.181 9229 99.719 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.207 Å20 Å20 Å2
2---0.009 Å20 Å2
3---0.216 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 41 0 155 1022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4152.0081218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7065103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.53324.57135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18315153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.535153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3612536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2094858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1736417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.998360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9490.343260.20859164395.956
1.949-2.0030.262370.186632669100
2.003-2.0610.29290.178592621100
2.061-2.1240.237300.18585615100
2.124-2.1940.235300.188597627100
2.194-2.2710.246210.174520541100
2.271-2.3560.241400.178537577100
2.356-2.4520.348200.176521541100
2.452-2.5610.289240.179491515100
2.561-2.6860.199190.172477496100
2.686-2.8310.272190.175458477100
2.831-3.0020.281200.164438458100
3.002-3.2090.223260.17411437100
3.209-3.4660.157210.163373394100
3.466-3.7950.203170.162361378100
3.795-4.2420.243110.15329340100
4.242-4.8940.196180.16279297100
4.894-5.9860.274190.207254273100
5.986-8.4290.3570.245218225100
8.429-64.550.13670.262124131100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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