[日本語] English
万見
- PDB-2i5c: Crystal structure of the C-terminal PH domain of pleckstrin in co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5c
タイトルCrystal structure of the C-terminal PH domain of pleckstrin in complex with D-myo-Ins(1,2,3,4,5)P5
要素Pleckstrin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PH domain / protein-inositol phosphate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation ...positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation / positive regulation of actin filament bundle assembly / cell projection organization / ruffle organization / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of platelet activation / vesicle docking involved in exocytosis / cortical actin cytoskeleton organization / hematopoietic progenitor cell differentiation / integrin-mediated signaling pathway / protein kinase C binding / platelet aggregation / ruffle membrane / Platelet degranulation / actin cytoskeleton organization / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IP5 / Pleckstrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jackson, S.G. / Haslam, R.J. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of the carboxy terminal PH domain of pleckstrin bound to D-myo-inositol 1,2,3,5,6-pentakisphosphate.
著者: Jackson, S.G. / Zhang, Y. / Haslam, R.J. / Junop, M.S.
履歴
登録2006年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin
B: Pleckstrin
C: Pleckstrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0946
ポリマ－37,3533
非ポリマー1,7403
水5,639313
1
A: Pleckstrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0312
ポリマ－12,4511
非ポリマー5801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0312
ポリマ－12,4511
非ポリマー5801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pleckstrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0312
ポリマ－12,4511
非ポリマー5801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.501, 47.604, 87.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Biological unit is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Pleckstrin / Platelet p47 protein


分子量: 12451.164 Da / 分子数: 3 / 断片: C-Terminal Domain, PH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEK, P47 / プラスミド: pDest17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08567
#2: 化合物 ChemComp-IP5 / (1R,2S,3R,4S,5S,6R)-6-HYDROXYCYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTAYL PENTAKIS[DIHYDROGEN (PHOSPHATE)] / D-MYO-INS(1,2,3,4,5)P5 / myo-イノシト-ル1,2,3,4,5-ペンタキスりん酸


分子量: 580.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17O21P5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 28% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.15K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日 / 詳細: channel-cut Si(111)
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 43292 / Num. obs: 39679 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.351 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24334 2609 7.7 %RANDOM
Rwork0.17583 ---
all0.17952 31402 --
obs0.17952 31402 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.12 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 96 313 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2332.0013456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.825297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36822.895114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3215443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1721521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5941.51506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18922345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.51831176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0554.51099
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.12732682
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.7133313
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.20232458
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 208 -
Rwork0.139 2294 -
obs--99.36 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る