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- PDB-2i53: Crystal structure of Cyclin K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i53
タイトルCrystal structure of Cyclin K
要素Cyclin K
キーワードCELL CYCLE / TRANSCRIPTION / CYCLIN K / CYCLIN BOX / CDK9 / POSITIVE TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR / P-TEFB
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / transcription by RNA polymerase II / cell cycle / cell division / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cyclin-K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Baek, K. / Brown, R.S. / Birrane, G. / Ladias, J.A.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Cyclin K, a Positive Regulator of Cyclin-dependent Kinase 9.
著者: Baek, K. / Brown, R.S. / Birrane, G. / Ladias, J.A.
履歴
登録2006年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4594
ポリマ－30,2821
非ポリマー1773
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.766, 69.186, 50.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclin K


分子量: 30281.930 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 11-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O75909
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月10日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 46197 / Num. obs: 46197 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 32.28
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→23.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.221 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2338 5.2 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 42446 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 0 228 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9821.9492942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5125253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75423.925107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27615386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4911512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2830.31163
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.51524
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2590.5341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2730.520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.88421314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.03332062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6784996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3466880
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 183 -
Rwork0.223 3083 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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