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- PDB-2i3s: Bub3 complex with Bub1 GLEBS motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3s
タイトルBub3 complex with Bub1 GLEBS motif
要素
  • Cell cycle arrest protein
  • Checkpoint serine/threonine-protein kinase
キーワードCELL CYCLE / WD40 protein / beta-propeller / GLEBS motif / mitotic spindle checkpoint
機能・相同性
機能・相同性情報


bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / mitotic checkpoint complex / centromere complex assembly / sister chromatid biorientation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore ...bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / mitotic checkpoint complex / centromere complex assembly / sister chromatid biorientation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin binding / macroautophagy / kinetochore / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mad3/Bub1 homology region 2 / Mad3/BUB1 homology region 2 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Mad3/Bub1 homology region 2 / Mad3/BUB1 homology region 2 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell cycle arrest protein BUB3 / Checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Larsen, N.A. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of Bub3 interactions in the mitotic spindle checkpoint.
著者: Larsen, N.A. / Al-Bassam, J. / Wei, R.R. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the spindle assembly checkpoint protein Bub3.
著者: Larsen, N.A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2006年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell cycle arrest protein
B: Checkpoint serine/threonine-protein kinase
C: Cell cycle arrest protein
D: Checkpoint serine/threonine-protein kinase
E: Cell cycle arrest protein
F: Checkpoint serine/threonine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7146
ポリマ－131,7146
非ポリマー00
水11,602644
1
A: Cell cycle arrest protein
B: Checkpoint serine/threonine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9052
ポリマ－43,9052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
2
C: Cell cycle arrest protein
D: Checkpoint serine/threonine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9052
ポリマ－43,9052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
3
E: Cell cycle arrest protein
F: Checkpoint serine/threonine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9052
ポリマ－43,9052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.656, 79.181, 142.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly consists of a single heterodimer of Bub3 and Bub1 GLEBS peptide. There are 3 heterodimers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Cell cycle arrest protein


分子量: 39554.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BUB3, YOR026W, OR26.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26449
#2: タンパク質・ペプチド Checkpoint serine/threonine-protein kinase / Bub1 GLEBS motif


分子量: 4349.952 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized peptide. / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P41695, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 18% PEG 3K 200 mM NaCl 100 mM Cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 79711 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / Rsym value: 0.054
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1U4C

1u4c


解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 3811 Random
Rwork0.219 --
all0.221 75071 -
obs0.221 75071 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8798 0 0 644 9442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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