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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ayr | ||||||
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Title | GH5 endoglucanase EglA from a ruminal fungus | ||||||
![]() | Endoglucanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Tim Barrel / Carbohydrate/Sugar Binding | ||||||
Function / homology | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tseng, C.-W. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T. / Liu, J.-R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate binding of a GH5 endoglucanase from the ruminal fungus Piromyces rhizinflata. Authors: Tseng, C.-W. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T. / Huang, J.-W. / Wang, H.-C. / Huang, C.-H. / Cheng, Y.-S. / Wang, A.H.-J. / Liu, J.-R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 134.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 425.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3aysC ![]() 1edgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43377.312 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.77 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.5M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2010 / Details: Rh Coated mirrors |
Radiation | Monochromator: LN2-Cooled, Fixed-Exit Si(111) Double Crystal Monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. all: 32241 / Num. obs: 31439 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 39.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 54.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 42.8 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 1530 / % possible all: 97.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1EDG Resolution: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.929 / SU ML: 0.102 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.147 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -1.8444 Å / Origin y: 34.205 Å / Origin z: -1.886 Å
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