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万見
- PDB-2i3i: Structure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a peptidomimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3i
タイトルStructure of an ML-IAP/XIAP chimera bound to a peptidomimetic
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
キーワードINHIBITOR/APOPTOSIS / ZINC BINDING / PEPTIDE COMPLEX / APOPTOSIS INHIBITION / PEPTIDOMIMETIC / SMALL MOLECULE / DRUG DESIGN / INHIBITOR-APOPTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of natural killer cell apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / lens development in camera-type eye / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-618 / : / Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fairbrother, W.J. / Franklin, M.C.
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Design, synthesis, and biological activity of a potent Smac mimetic that sensitizes cancer cells to apoptosis by antagonizing IAPs.
著者: Zobel, K. / Wang, L. / Varfolomeev, E. / Franklin, M.C. / Elliott, L.O. / Wallweber, H.J. / Okawa, D.C. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Fairbrother, W.J. / Deshayes, K.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Engineering ML-IAP to produce an extraordinarily potent caspase-9 inhibitor: implications for Smac-dependent anti-apoptotic activity of ML-IAP
著者: Vucic, D. / Franklin, M.C. / Wallweber, H.J. / Das, K. / Eckelman, B.P. / Shin, H. / Elliott, L.O. / Deshayes, K. / Salvesen, G.S. / Fairbrother, W.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure and Function Analysis of Peptide Antagonists of Melanoma Inhibitor of Apoptosis (ML-IAP)
著者: Franklin, M.C. / Kadkhodayan, S. / Ackerly, H. / Alexandru, D. / Distefano, M.D. / Elliott, L.O. / Flygare, J.A. / Vucic, D. / Deshayes, K. / Fairbrother, W.J.
履歴
登録2006年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE For entity 1 (chains A and B) residues 150, 160-168, and 172 replaced with XIAP-BIR3 homologues.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,42010
ポリマ－29,9552
非ポリマー1,4648
水2,432135
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5403
ポリマ－14,9781
非ポリマー5622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8807
ポリマ－14,9781
非ポリマー9026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.356, 87.356, 73.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 7 / Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / Livin


分子量: 14977.567 Da / 分子数: 2 / 断片: ML-IAP residues 63-172
変異: RESIDUES 150, 160-168, AND 172 REPLACED WITH XIAP-BIR3 HOMOLOGUES
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC7 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5

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非ポリマー , 6種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-618 / (3R,6R,9AR)-2,2-DIMETHYL-6-[(N-METHYL-L-ALANYL)AMINO]-N-(3-METHYL-1-PHENYL-1H-PYRAZOL-5-YL)-5-OXO-2,3,5,6,9,9A-HEXAHYDRO[1,3]THIAZOLO[3,2-A]AZEPINE-3-CARBOXAMIDE


分子量: 496.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N6O3S
#4: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Lithium sulfate, PEG 3350, Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月21日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 13116 / Num. obs: 13095 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1277 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1.3 A structure of the ML-IAP/XIAP protein bound to a different peptidomimetic, with the ligand and surrounding waters removed

解像度: 2.3→24.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.803 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22385 644 4.9 %RANDOM
Rwork0.18783 ---
all0.189 13116 --
obs0.18954 12395 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 1.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1494 0 95 135 1724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9872247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82733256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0365183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89223.03879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71715223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.587158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4632.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0512.5380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61151464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5282.5904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8495783
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 52 -
Rwork0.223 883 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3511-1.6301-0.46873.9084-0.0932.54760.07470.2339-0.0061-0.3263-0.1114-0.02760.03630.00520.0367-0.15620.00790.0077-0.16170.0018-0.18184.866568.170622.224
21.6325-0.87080.49134.302-1.70732.63940.0534-0.2011-0.0560.21940.02430.075-0.0804-0.0373-0.0777-0.1523-0.03080.0138-0.1874-0.0042-0.188377.931459.74750.1759
33.00560.55429.27280.10221.709828.60780.25480.9836-0.6483-1.1625-0.16550.5867-0.1137-1.0681-0.08930.04530.0661-0.1426-0.0319-0.0352-0.018879.297562.430514.3987
42.95555.4224-0.016316.5146-8.70411.4592-0.4995-0.24470.11250.4578-0.33511.49192.1493-0.32620.8346-0.181-0.06390.0580.0099-0.00210.081668.040455.136748.5896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA78 - 16739 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1AC10011
3X-RAY DIFFRACTION2BB78 - 17139 - 132
4X-RAY DIFFRACTION2BD10011
5X-RAY DIFFRACTION3AF5011
6X-RAY DIFFRACTION4BG5011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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