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- PDB-2i3f: Crystal Structure of a Glycolipid transfer-like protein from Gald... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i3f
タイトルCrystal Structure of a Glycolipid transfer-like protein from Galdieria sulphuraria
要素glycolipid transfer-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / GLTP superfamily / GLTP-like / Protein structure initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Glycolipid transfer-like protein from Galdieria sulphuraria
著者: McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2006年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycolipid transfer-like protein
B: glycolipid transfer-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7382
ポリマ－51,7382
非ポリマー00
水6,918384
1
A: glycolipid transfer-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8691
ポリマ－25,8691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glycolipid transfer-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8691
ポリマ－25,8691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.438, 48.195, 89.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-240-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 glycolipid transfer-like protein


分子量: 25868.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 遺伝子: c503_101305g25.t1 (MSU_Galdi) / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Tris PH 8.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (16% PEG 1.5K, 0.050 M HEPES pH 7.5) CRYOPROTECTED ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Tris PH 8.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (16% PEG 1.5K, 0.050 M HEPES pH 7.5) CRYOPROTECTED WITH WELL SOLUTION WITH 20% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.97925
2
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→43.963 Å / Num. obs: 93177 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 17.474
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.38-1.432.90.2463.75486350.86392.4
1.43-1.493.40.18392950.87399.5
1.49-1.553.60.13293770.904100
1.55-1.643.70.193440.976100
1.64-1.743.70.08493561.031100
1.74-1.873.70.06193771.016100
1.87-2.063.80.04293950.984100
2.06-2.363.80.04494340.892100
2.36-2.973.80.03494400.879100
2.97-43.9633.70.02895241.06398.8

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å43.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FFAS03 homology model based on PDB 1tfj

1tfj


解像度: 1.38→43.963 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.198 / SU B: 0.903 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 4669 5.011 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.184 ---
obs0.184 93176 99.013 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.324 Å20 Å20.129 Å2
2--0.427 Å20 Å2
3---0.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→43.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3417 0 0 384 3801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.9534761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7995434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50624.048168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73615639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9281524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.22488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4151.52170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04923413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98431535
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4534.51338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.38-1.4160.3093020.2715927692689.936
1.416-1.4550.2763140.2426339676198.403
1.455-1.4970.2543230.2096201653099.908
1.497-1.5430.2293390.19360026341100
1.543-1.5930.2133340.18558536187100
1.593-1.6490.2173010.18957136014100
1.649-1.7110.2112680.18954785746100
1.711-1.7810.2262690.18953215590100
1.781-1.860.2182710.1845042531499.981
1.86-1.9510.2022550.18548565111100
1.951-2.0570.2092310.1846244855100
2.057-2.1810.2272470.17843754622100
2.181-2.3320.192010.1694107430999.977
2.332-2.5180.2262150.17738184033100
2.518-2.7590.2162020.17835273729100
2.759-3.0840.1911660.1823210337999.911
3.084-3.560.21480.182852300399.9
3.56-4.3580.1721300.1582385252999.446
4.358-6.1540.238970.1721881198799.547
6.154-43.9630.24560.21996113992.362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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