PDB-2i33: The structure of the Class C acid phosphatase from Bacillus anthracis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i33

タイトル

The structure of the Class C acid phosphatase from Bacillus anthracis

要素

Acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / HAD superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Felts, R.L. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the Class C acid phosphatase from Bacillus anthracis
著者: Felts, R.L. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2006年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i33.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i33.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i33_validation.pdf.gz	405.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i33_full_validation.pdf.gz	406.9 KB	表示
XML形式データ	2i33_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2i33_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/2i33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i34
類似構造データ	2i34-d 2zuh-d 1q6g-d 4fdo-d 5du9-2 1o76-1 2pml-d 1q6d-d 4g3r-1 4kp1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acid phosphatase

B: Acid phosphatase

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.231, 89.909, 104.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The second molecule in the asyetric unit is generated by: x, y, z

#1: タンパク質	Acid phosphatase 分子量: 29468.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q81L82, UniProt: A0A6L7HE29*PLUS, acid phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 30% v/v Jeffamine ED-2001 reagent, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 140 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2037 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月14日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2037 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→42.12 Å / Num. obs: 66821 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.57→1.66 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
d*TREK		データスケーリング
d*TREK		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.57→42.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.873 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	3345	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
all	0.175	66821	-	-
obs	0.175	66730	95.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→42.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3727	0	2	464	4193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.95	5274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.775	3	7865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.427	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.192	25.692	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.545	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.45	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.152	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.111	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.208	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.5	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.216	1.5	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.155	2	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.031	3	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.004	4.5	1435

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.608 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	111	-
R_work	0.319	2314	-
obs	-	2425	47.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8721	0.0621	-0.3966	0.8881	-0.2233	2.2389	0.04	-0.0123	0.0007	0.0682	0.0992	0.1791	0.0374	-0.3389	-0.1392	-0.1848	-0.0072	-0.0183	-0.1218	0.041	-0.1321	35.3595	53.4966	23.5716
2	0.8772	0.1367	-0.2502	1.0372	-0.0657	1.6892	-0.0432	-0.0288	-0.0731	-0.0611	0.0398	-0.1426	0.2597	0.2447	0.0034	-0.1279	0.0286	-0.0256	-0.1593	0.0007	-0.1229	53.8102	41.8834	12.6305
3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.0001	0	-0.0002	-0.0002	0	0	54.5448	40.4997	13.4614
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.0001	-0.0002	0	-0.0001	0	-0.0001	34.9035	53.0223	25.0619

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	14 - 251	14 - 251
2	2	B	B	14 - 250	14 - 250
3	3	B	C	601	1
4	4	A	D	602	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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