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- PDB-2i2y: Solution structure of the RRM of SRp20 bound to the RNA CAUC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i2y
タイトルSolution structure of the RRM of SRp20 bound to the RNA CAUC
要素
  • (5'-R(*CP*AP*UP*C)-3')
  • Fusion protein consists of immunoglobulin G-Binding Protein G and Splicing factor, arginine/serine-rich 3
キーワードRNA binding protein/Chimera/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX RRM alpha-beta sandwich beta1-alpha1-beta2-beta3-alpha2-beta4 / RNA binding protein-Chimera-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA sequence-specific adaptor activity / primary miRNA binding / primary miRNA processing / mRNA 3'-end processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / phospholipase binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...protein-RNA sequence-specific adaptor activity / primary miRNA binding / primary miRNA processing / mRNA 3'-end processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / phospholipase binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA export from nucleus / mRNA Splicing - Major Pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Immunoglobulin G-binding protein G / Serine/arginine-rich splicing factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / AMBER 7
データ登録者Hargous, Y.F. / Allain, F.H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Molecular basis of RNA recognition and TAP binding by the SR proteins SRp20 and 9G8.
著者: Hargous, Y. / Hautbergue, G.M. / Tintaru, A.M. / Skrisovska, L. / Golovanov, A.P. / Stevenin, J. / Lian, L.Y. / Wilson, S.A. / Allain, F.H.
履歴
登録2006年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: (5'-R(*CP*AP*UP*C)-3')
A: Fusion protein consists of immunoglobulin G-Binding Protein G and Splicing factor, arginine/serine-rich 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0612
ポリマ－18,0612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 50structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 (5'-R(*CP*AP*UP*C)-3')


分子量: 1200.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: core sequence of exonic splicing enhancers recognised by SRp20
#2: 抗体 Fusion protein consists of immunoglobulin G-Binding Protein G and Splicing factor, arginine/serine-rich 3 / Pre-mRNA-splicing factor SRP20


分子量: 16860.682 Da / 分子数: 1 / Fragment: RRM domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G', Homo sapiens
属: Streptococcus, Homo / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: spg and SFRS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+ RIL / 参照: UniProt: P19909, UniProt: P84103

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121CBCA(CO)NH
1313D 13C-separated NOESY
1423D 15N-separated NOESY
151(H)CCH TOCSY
1622D NOESY
1722D TOCSY
1833D flitered [1H,13C,1H] NOESY
1912D filtered/edited NOESY
1101

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM SRp20 13C-15N labelled + 1 mM CAUC natural abundance in 50 mM sodium dihydrogenophosphate, pH 6.4, 1mM DTT;10% D2O,90% H2O or 100% D2O
21mM SRp20 15N labelled + 1 mM CAUC natural abundance in 1mM SRp20 15N labelled in 50 mM sodium dihydrogenophosphate, pH 6.4, 1mM DTT10% D2O, 90% H2O or 100% D2O
31mM SRp20 15N labelled + 1 mM CAUC with 13C labelled riboses and natural abundance bases in 50 mM sodium dihydrogenophosphate, pH 6.4, 1mM DTT;10% D2O, 90% H2O or 100% D2O
41mM SRp20 15N labelled + 1 mM CAUC with A2 and U3 riboses 13C labelled and natural abundance of other riboses and all bases in 50 mM sodium dihydrogenophosphate, pH 6.4, 1mM DTT;10% D2O, 90% H2O or 100% D2O
51mM SRp20 15N labelled + 1 mM CAUC with C1 and C4 riboses 13C labelled and natural abundance of other riboses and all bases, in 50 mM sodium dihydrogenophosphate, pH 6.4, 1mM DTT;10% D2O, 90% H2O or 100% D2O
試料状態pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 315 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX9001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
DIANA構造決定
Sparkyデータ解析
Amber 7Case and Cornell精密化
精密化手法: AMBER 7 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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