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万見
- PDB-2i2q: Fission Yeast cofilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i2q
タイトルFission Yeast cofilin
要素Cofilin
キーワードactin-binding protein / N-terminal Serine
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament debranching activity / actin filament severing activity / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin cortical patch / cell tip / actin filament severing / actin filament depolymerization / cell division site ...actin filament debranching activity / actin filament severing activity / mitotic actomyosin contractile ring / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin cortical patch / cell tip / actin filament severing / actin filament depolymerization / cell division site / actin monomer binding / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Andrianantoandro, E. / Pollard, T.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Mechanism of Actin Filament Turnover by Severing and Nucleation at Different Concentrations of ADF/Cofilin.
著者: Andrianantoandro, E. / Pollard, T.D.
履歴
登録2006年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cofilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3118
ポリマ－15,6411
非ポリマー6707
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.915, 81.915, 61.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cofilin


分子量: 15640.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cof1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78929
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.1 M Ammonium Sulfate, 100 mM imidazole pH 7.0, 1 mM NiSO4, 2.5% PEG 400, 1 mM LDAO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 25210 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 5.212 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique all: 981 / Χ2: 7.956 / % possible all: 35.4

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.499 / Packing: 0.381
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral91.7 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1COF

1cof


解像度: 1.72→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 2059 9 %Random
Rwork0.236 ---
all0.246 22932 --
obs0.241 20784 90.6 %-
溶媒の処理Bsol: 52.597 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.398 Å20 Å20 Å2
2--1.398 Å20 Å2
3----2.797 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数974 0 42 90 1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1362
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.332.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.66X-RAY DIFFRACTION35.4
1.66-1.72X-RAY DIFFRACTION72
1.72-1.8X-RAY DIFFRACTION92.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2so4.param
X-RAY DIFFRACTION3lda.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5egl.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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