PDB-2i1u: Mycobacterium tuberculosis thioredoxin C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i1u

タイトル

Mycobacterium tuberculosis thioredoxin C

要素

Thioredoxin

チオレドキシン

キーワード

ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) /

Thioredoxin (チオレドキシン) /

Redox Protein (酸化還元反応)

機能・相同性

機能・相同性情報

Cysteine synthesis from O-acetylserine / Cell redox homeostasis / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione disulfide oxidoreductase activity / disulfide oxidoreductase activity /

protein-disulfide reductase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell redox homeostasis /

electron transfer activity / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Hall, G. / McEwan, P.A. / Emsley, J.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosisthioredoxin C.
著者: Hall, G. / Shah, M. / McEwan, P.A. / Laughton, C. / Stevens, M. / Westwell, A. / Emsley, J.

履歴

登録	2006年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i1u.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i1u.ent.gz	43.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/2i1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/2i1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2trxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1bhf-d 2qgo-d 6kil-d 1nnx-d 4mn6-1 2w2w-5 1wmj-d 2w2w-3 1x6j-d 2v89-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.478, 29.225, 30.954
Angle α, β, γ (deg.)	88.37, 88.15, 66.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Thioredoxin / チオレドキシン / TRX / MPT46 分子量: 13160.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: trxA, trx, trxC / プラスミド: pTrcHisA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A616, UniProt: P9WG67*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Thioredoxin /

チオレドキシン / TRX / MPT46

分子量: 13160.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: trxA, trx, trxC / プラスミド: pTrcHisA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A616, UniProt: P9WG67*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% iso-propanol, 0.1M Na HEPES, 20% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	173	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.5418
シンクロトロン	ESRF	ID29		2	0.968

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2004年9月4日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2004年10月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.968	1

反射

解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 19858 / Num. obs: 19858 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 1.3→1.37 Å / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2trx

2trx

解像度: 1.3→18.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 2.45 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24032	1371	6.9 %	RANDOM
R_work	0.21174	-	-	-
obs	0.21391	18487	94.73 %	-
all	-	19858	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.392 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→18.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	862	0	0	157	1019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.975	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.349	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.824	25.484	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.274	15	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.64	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.257	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.203	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.302	1.5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.115	2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.974	3	325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.022	4.5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.287	3	931
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.092	3	160
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.724	3	874

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	71	-
R_work	0.283	1379	-
obs	-	-	91.14 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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