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- PDB-2i13: Aart, a six finger zinc finger designed to recognize ANN triplets -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i13
タイトルAart, a six finger zinc finger designed to recognize ANN triplets
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'
  • Aart
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA binding / zinc finger / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Generic Transcription Pathway / multicellular organism development / spermatogenesis / regulation of gene expression / cell differentiation / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and SCAN domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Horton, N.C. / Segal, D.J. / Bhakta, M. / Crotty, J.W. / Barbas III, C.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of Aart, a Designed Six-finger Zinc Finger Peptide, Bound to DNA.
著者: Segal, D.J. / Crotty, J.W. / Bhakta, M.S. / Barbas, C.F. / Horton, N.C.
履歴
登録2006年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The protein is a genetically engineered peptide based on mouse transcription factor Zif268

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'
E: 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'
A: Aart
B: Aart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,07721
ポリマ－69,9906
非ポリマー1,08815
水7,512417
1
C: 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'
A: Aart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,57111
ポリマ－34,9953
非ポリマー5778
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'
B: Aart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,50610
ポリマ－34,9953
非ポリマー5117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.586, 72.054, 74.212
Angle α, β, γ (deg.)75.53, 83.80, 72.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 6875.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis by phosphoramidite chemistry
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*T)-3'


分子量: 6630.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis by phosphoramidite chemistry

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Aart


分子量: 21489.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pMAL fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07230

-
非ポリマー , 3種, 432分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 4000, 400mM NaCl, 100mM Ammonium Acetate, 100mM citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NaCl11
3Ammonium Acetate11
4citrate11
5HOH11
6PEG 400012
7NaCl12
8Ammonium Acetate12
9citrate12
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.38, 1.2834, 1.2830, 1.2574
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.381
21.28341
31.2831
41.25741
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 51971 / Num. obs: 51971 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 64.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3674 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.96→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2609 4.6 %Random 5%
Rwork0.203 ---
all0.203 51911 --
obs0.203 51911 90.8 %-
溶媒の処理Bsol: 48.732 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.561 Å20.909 Å23.458 Å2
2--6.672 Å2-0.329 Å2
3----7.233 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.257 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 1792 35 417 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4953.5
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0324.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_plus_finger.paramprotein_plus_finger.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5gol.pargol.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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