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- PDB-2i0x: Hypothetical protein PF1117 from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i0x
タイトルHypothetical protein PF1117 from Pyrococcus furiosus
要素Hypothetical protein PF1117
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PF1117 / HYPOTHETICAL PROTEIN / PYROCOCCUS FURIOSUS / PSI / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / Protein Structure Initiative / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, L.Q. / Fu, Z.-Q. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein Pf1117 from Pyrococcus furiosus
著者: Chen, L.Q. / Fu, Z.-Q. / Hwang, J. / Chang, J. / Chen, L. / Wang, Y. / Zhang, H. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2006年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PF1117


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9931
ポリマ－9,9931
非ポリマー00
水28816
1
A: Hypothetical protein PF1117

A: Hypothetical protein PF1117


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9852
ポリマ－19,9852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area2910 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.203, 48.203, 84.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細PISA suggests that the biological assembly is a a2 dimer. The second part of the biological assembly can be generated by the following operator: -Y+2,-X+2,-z+0.5 symmetry ID 8_665

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PF1117


分子量: 9992.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: ORF 1117 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8U1T8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 20% PEG 8000, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 12% GLYCEROL IN 100MM PHOSPHATE-CITRATE ...詳細: 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 20% PEG 8000, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 12% GLYCEROL IN 100MM PHOSPHATE-CITRATE BUFFER, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月17日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4033 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.1 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 239 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SGXPROモデル構築
CNS1.1精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→25 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 482 9.3 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.261 5038 96.7 %-
all-5210 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0341 Å2 / ksol: 0.306465 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.42 Å20 Å20 Å2
2---5.42 Å20 Å2
3---10.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数693 0 0 16 709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.012.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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