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万見
- PDB-2hzy: Mouse fumarylacetoacetate hydrolase complexes with a transition-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hzy
タイトルMouse fumarylacetoacetate hydrolase complexes with a transition-state mimic of the complete substrate
要素Fumarylacetoacetase
キーワードHYDROLASE / transition-state mimicking complex
機能・相同性
機能・相同性情報


homogentisate catabolic process / fumarylacetoacetase / fumarylacetoacetase activity / Tyrosine catabolism / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / arginine catabolic process / lipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family ...Fumarylacetoacetase, N-terminal domain / Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetase, N-terminal / Fumarylacetoacetase, N-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetase N-terminal / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DHJ / : / NICKEL (II) ION / Fumarylacetoacetase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Timm, D.E.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2007
タイトル: Slow-onset inhibition of fumarylacetoacetate hydrolase by phosphinate mimics of the tetrahedral intermediate: kinetics, crystal structure and pharmacokinetics.
著者: Bateman, R.L. / Ashworth, J. / Witte, J.F. / Baker, L.J. / Bhanumoorthy, P. / Timm, D.E. / Hurley, T.D. / Grompe, M. / McClard, R.W.
履歴
登録2006年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarylacetoacetase
B: Fumarylacetoacetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85219
ポリマ－92,5932
非ポリマー1,25917
水17,943996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area30490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.144, 109.472, 67.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fumarylacetoacetase / Fumarylacetoacetate hydrolase / Beta-diketonase / FAA


分子量: 46296.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fah / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35505, fumarylacetoacetase

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非ポリマー , 6種, 1013分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-DHJ / 4-(2-CARBOXYETHYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-3-OXOBUTANOIC ACID / 4-[(2-CARBOXYETHYL)HYDROXYPHOSPHINYL] 3-OXOBUTYRIC ACID


分子量: 238.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11O7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, 0.3 M Sodium acetate, 30% (w/v) PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月1日 / 詳細: ID-19
放射モノクロメーター: 19-ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 188128 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0.2 / 冗長度: 4.37 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QCN

1qcn


解像度: 1.35→24.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.92 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18815 9466 5 %RANDOM
Rwork0.16799 ---
all0.16901 188088 --
obs0.16901 188088 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-0.23 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→24.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6489 0 45 998 7532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.959086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8035831
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025163
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.54156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81926711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63532539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0554.52375
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 557
Rwork0.281 10397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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