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- PDB-2hyy: Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyy
タイトルHuman Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec)
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / positive regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction ...negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / positive regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / delta-catenin binding / cerebellum morphogenesis / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / B cell proliferation involved in immune response / neuroepithelial cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / mitochondrial depolarization / regulation of cell motility / bubble DNA binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / cellular response to dopamine / activated T cell proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of dendrite development / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / neuromuscular process controlling balance / Myogenesis / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of osteoblast proliferation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / Bergmann glial cell differentiation / regulation of endocytosis / negative regulation of cellular senescence / myoblast proliferation / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of microtubule polymerization / associative learning / positive regulation of vasoconstriction / actin monomer binding / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cell adhesion / mismatch repair / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / spleen development / four-way junction DNA binding / ERK1 and ERK2 cascade / ruffle / positive regulation of stress fiber assembly / signal transduction in response to DNA damage / phosphotyrosine residue binding / actin filament polymerization / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of endothelial cell migration / SH2 domain binding / establishment of localization in cell / response to endoplasmic reticulum stress / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / thymus development / protein kinase C binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / protein modification process / B cell receptor signaling pathway / regulation of autophagy / integrin-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / post-embryonic development
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Liebetanz, J. / Fabbro, D. / Manley, P.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Structural biology contributions to the discovery of drugs to treat chronic myelogenous leukaemia.
著者: Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Floersheimer, A. / Furet, P. / Liebetanz, J. / Rummel, G. / Rheinberger, P. / Centeleghe, M. / Fabbro, D. / Manley, P.W.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6888
ポリマ－126,7134
非ポリマー1,9744
水3,603200
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1722
ポリマ－31,6781
非ポリマー4941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1722
ポリマ－31,6781
非ポリマー4941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1722
ポリマ－31,6781
非ポリマー4941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1722
ポリマ－31,6781
非ポリマー4941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.679, 148.575, 115.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1 / p150 / c-ABL / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1


分子量: 31678.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB


分子量: 493.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16 % PEG 8000, 1M MES pH 6.75, 0.2 M MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8452 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 47532 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.396 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.438 / Num. unique all: 4717 / Χ2: 0.323 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.424 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.548
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å24.99 Å
Translation3.5 Å24.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2HZ0

2hz0


解像度: 2.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.905 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2408 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.208 ---
obs-47530 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8354 0 148 200 8702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0228736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.96911865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.22351045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12824.063379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.046151404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8961535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.24115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.25875
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2841.55417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10828407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85233979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1794.53458
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 188 -
Rwork0.237 3273 -
obs-3461 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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