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万見
- PDB-2hyn: Complete ensemble of NMR structures of unphosphorylated human pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyn
タイトルComplete ensemble of NMR structures of unphosphorylated human phospholamban pentamer
要素Cardiac phospholamban
キーワードMEMBRANE PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / symmetric homo-oligomer / pentamer / protein complex / LEU/ILE ZIPPER / SUPER COIL / CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion binding / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / acrosome assembly ...regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion binding / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / acrosome assembly / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion import / negative regulation of catalytic activity / regulation of the force of heart contraction / ATPase inhibitor activity / negative regulation of ATP-dependent activity / cardiac muscle tissue development / regulation of cardiac muscle cell contraction / blood circulation / enzyme inhibitor activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of heart contraction / negative regulation of heart rate / muscle cell cellular homeostasis / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / negative regulation of calcium ion transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Ion homeostasis / Notch signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / mitochondrial membrane / intracellular calcium ion homeostasis / ATPase binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholamban / Phospholamban / Phospholamban / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cardiac phospholamban
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Complete SCS search, Energy-minimization
データ登録者Potluri, S. / Yan, A.K. / Chou, J.J. / Donald, B.R. / Bailey-Kellogg, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Structure determination of symmetric homo-oligomers by a complete search of symmetry configuration space, using NMR restraints and van der Waals packing.
著者: Potluri, S. / Yan, A.K. / Chou, J.J. / Donald, B.R. / Bailey-Kellogg, C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The structure of phospholamban pentamer reveals a channel-like architecture in membranes
著者: Oxenoid, K. / Chou, J.J.
履歴
登録2006年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cardiac phospholamban
B: Cardiac phospholamban
C: Cardiac phospholamban
D: Cardiac phospholamban
E: Cardiac phospholamban


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5735
ポリマ－30,5735
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)184 / 184All calculated structures were submitted. Our method guarantees that the ensemble represents all structures that satisfy the data and have good vdW packing within a user-defined similarity level (chosen as 1 A).
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Cardiac phospholamban


分子量: 6114.576 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLN / プラスミド: PMALC2X / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26678

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: TROSY-HNCA, HN(CA)CB, HN(CA)CO, MEASUREMENT OF 1H-15N, 13C'- 13CA, AND 13C'-15N RDCS USING 3D HNCO BASED EXPERIMENTS, H(CCO)NH, C(CO)NH, 15N-EDITED NOESY, 13C-EDITED NOESY, 13C- HSQC FOR ...タイプ: TROSY-HNCA, HN(CA)CB, HN(CA)CO, MEASUREMENT OF 1H-15N, 13C'- 13CA, AND 13C'-15N RDCS USING 3D HNCO BASED EXPERIMENTS, H(CCO)NH, C(CO)NH, 15N-EDITED NOESY, 13C-EDITED NOESY, 13C- HSQC FOR METHYL STEREOSPECIFIC ASSIGNMENT, DOUBLE 13C- FILTERED, 15N-EDITED NOESY, 3D 15N-EDITED NOESY, 2D SPIN-ECHO DIFFERENCE EXPERIMENTS FOR MEASURING 3-BOND J(NCG) AND J(CCG) COUPLINGS

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試料調製

詳細内容: 0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, U-15N, 13C, 85% 2H, 25 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM DPC, 95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, U-15N, 13C, 85% 2H, 25 MM SODIUM ...内容: 0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, U-15N, 13C, 85% 2H, 25 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM DPC, 95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, U-15N, 13C, 85% 2H, 25 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM DPC, 4% STRETCHED POLYACRYLAMIDE GEL,95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, U-15N,13C, 25 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, 10% 13C-LABELED, 25 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM DPC, 95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, 50% U-15N,13C AND 50% UNLABELED, 25MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O;0.2 MM PHOSPHOLAMBAN PENTAMER, 50% U-15N, U-2H AND 50% UNLABELED,25MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 50 MM BME, 200 MM 2H-DPC, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K

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NMR測定

放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Adavnce, DMX / 製造業者: Bruker / モデル: Adavnce, DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Complete SCS search0S. Potluri, A.K. Yan, B. R. Donald, C. Bailey-Kellogg解析
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.DeLano,P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang,J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read,L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren精密化
精密化手法: Complete SCS search, Energy-minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: 1. MONOMER STRUCTURE: DETERMINED WITH SIMULATED ANNEALING PROTOCOL THAT REFINES ALL INTRAMONOMER NOES, SIDECHAIN J-COUPLINGS, AND BACKBONE RDCS. 2. PENTAMER STRUCTURE: DETERMINED BY OUR ...詳細: 1. MONOMER STRUCTURE: DETERMINED WITH SIMULATED ANNEALING PROTOCOL THAT REFINES ALL INTRAMONOMER NOES, SIDECHAIN J-COUPLINGS, AND BACKBONE RDCS. 2. PENTAMER STRUCTURE: DETERMINED BY OUR COMPLETE SCS APPROACH. TRADITIONAL NMR PROTOCOLS FOR SYMMETRIC HOMO-OLIGOMERS (USED FOR STRUCTURES OF PDB ID 1ZLL) ARE BASED ON SIMULATED ANNEALING TECHNIQUES AND COULD GET TRAPPED IN LOCAL MINIMA. OUR COMPLETE SCS SEARCH APPROACH AVOIDS BIAS AND RETURNS ALL CONSISTENT, WELL-PACKED STRUCTURES TO WITHIN A USER-DEFINED SIMILARITY LEVEL. ENERGY-MINIMIZATION IS USED ONLY AT A LATER STAGE AFTER THE ENSEMBLE OF STRUCTURES THAT SATISFY THE DATA HAVE BEEN IDENTIFIED, HENCE ENSURING THAT NO CONSISTENT WELL-PACKED CONFORMATION IS MISSED.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: All calculated structures were submitted. Our method guarantees that the ensemble represents all structures that satisfy the data and have good vdW packing ...コンフォーマー選択の基準: All calculated structures were submitted. Our method guarantees that the ensemble represents all structures that satisfy the data and have good vdW packing within a user-defined similarity level (chosen as 1 A).
計算したコンフォーマーの数: 184 / 登録したコンフォーマーの数: 184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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