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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hy7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of GumK, a beta-glucuronosyltransferase from Xanthomonas campestris | ||||||
![]() | Glucuronosyltransferase GumK | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glucuronosyltransferase / glycosyltransferases / xanthan / membrane-associated proteins / Xanthomonas campestris | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-Man-alpha-(1->3)-D-Glc-beta-(1->4)-D-Glc-alpha-1-diphosphoundecaprenol 2-beta-glucuronosyltransferase / glucuronosyltransferase activity / polysaccharide biosynthetic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barreras, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of GumK, a membrane-associated glucuronosyltransferase. 著者: Barreras, M. / Salinas, S.R. / Abdian, P.L. / Kampel, M.A. / Ielpi, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit is the monomer present in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45335.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gumK / プラスミド: pET22(b) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.2 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 35% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M CsCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.20 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月27日 / 詳細: BEAM FOCUSED BY A TOROIDAL MIRROR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / D res high: 2 Å / % possible obs: 95.5
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.9→107.211 Å / Num. obs: 62401 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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