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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hxa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cu(I) Azurin with the metal-binding loop sequence "CTFPGHSALM" replaced with "CSPHQGAGM", at pH3.5 | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / BLUE COPPER-BINDING PROTEIN / GREEK-KEY BETA-BARREL / LOOP MUTAGENESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Banfield, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering Copper Sites in Proteins: Loops Confer Native Structures and Properties to Chimeric Cupredoxins. 著者: Li, C. / Banfield, M.J. / Dennison, C. #1: ![]() タイトル: Basic requirements for a metal-binding site in a protein: The influence of loop shorteneing on the cupredoxin azurin 著者: Chan, L. / Yanagisawa, S. / Martins, B.M. / Messerschmidt, A. / Banfield, M.J. / Dennison, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13785.544 Da / 分子数: 2 / 変異: Metal binding loop / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 29-31% PEG 4000, 100mM magnesium chloride, 100mM Sodium acetate. Crystal soaked in ascorbate and pH3.5 buffer following growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月23日 / 詳細: Qsmic "blue" |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→35.56 Å / Num. obs: 12989 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. measured all: 15530 / Num. unique all: 1849 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Direct use of Oxidised structure in same crystal form 解像度: 2.21→35.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 5.823 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.472 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→35.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.206→2.264 Å / Total num. of bins used: 20
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