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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hx7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cu(II) Azurin with the metal-binding loop sequence "CTFPGHSALM" replaced with "CSPHQGAGM" | ||||||
要素 | Azurin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / BLUE COPPER-BINDING PROTEIN / GREEK-KEY BETA-BARREL / LOOP MUTAGENESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Banfield, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Engineering Copper Sites in Proteins: Loops Confer Native Structures and Properties to Chimeric Cupredoxins. 著者: Li, C. / Banfield, M.J. / Dennison, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006 タイトル: Basic requirements for a metal-binding site in a protein: The influence of loop shorteneing on the cupredoxin azurin 著者: Chan, L. / Yanagisawa, S. / Martins, B.M. / Messerschmidt, A. / Banfield, M.J. / Dennison, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hx7.cif.gz | 126.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hx7.ent.gz | 97.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hx7_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hx7_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hx7_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hx7_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13785.544 Da / 分子数: 2 変異: Metal binding loop "CTFPGHSALM" mutated to "CSPHQGAGM" 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu / プラスミド: TRK99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P00282 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 29-31% PEG 4000, 100mM magnesium chloride, 100mM Sodium acetate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月8日 / 詳細: Osmic "blue" |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→54.313 Å / Num. obs: 36537 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 19172 / Num. unique all: 4673 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 86 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4AZU, with residues 112-121 removed 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.812 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, UT NOT OUTPUT TO THE FILE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.984 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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