PDB-2hx6: Solution structure analysis of the phage T4 endoribonuclease RegB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hx6

タイトル

Solution structure analysis of the phage T4 endoribonuclease RegB

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta fold

機能・相同性

T4 endoribonuclease RegB / T4-page Endoribonuclease RegB / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Endoribonuclease RegB

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

溶液NMR / mix of manual, automatic NOE assignment procedure

データ登録者

Odaert, B. / Saida, F. / Uzan, M. / Bontems, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional studies of RegB, a new member of a family of sequence-specific ribonucleases involved in mRNA inactivation on the ribosome.
著者: Odaert, B. / Saida, F. / Aliprandi, P. / Durand, S. / Crechet, J.B. / Guerois, R. / Laalami, S. / Uzan, M. / Bontems, F.

履歴

登録	2006年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hx6.cif.gz	742.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hx6.ent.gz	615.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hx6_validation.pdf.gz	359.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hx6_full_validation.pdf.gz	529.8 KB	表示
XML形式データ	2hx6_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	2hx6_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ajw-d 5of2-d 2o16-2 1r1v-1 5wzz-3 1ukx-d 5cw0-d 1xt3-d 4fpr-2 5tdy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 30	structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations
代表モデル

#1: タンパク質	Ribonuclease / Gp61.9 分子量: 17939.549 Da / 分子数: 1 / 変異: H48A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: regB, 61.9 / プラスミド: pTOXR(RegB-H48A) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL31(DE3) 参照: UniProt: P13312, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Ribonuclease / Gp61.9

分子量: 17939.549 Da / 分子数: 1 / 変異: H48A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: regB, 61.9 / プラスミド: pTOXR(RegB-H48A) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL31(DE3)
参照: UniProt: P13312, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HNCO
1	2	1	HNCA
1	3	1	HN(CO)CA
1	4	1	HN(CA)CB
1	5	1	CBCA(CO)NH
1	6	2	(H)CCH-TOCSY
1	7	2	3D 13C-separated NOESY
1	8	3	3D 15N-separated NOESY
1	9	4	2D NOESY
1	10	4	2D TOCSY
1	11	4	2D COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Uniform labeling with 13C, 15N (U-80% 13C, U-100% 15N)	90% H2O, 10% D20
2	Uniform labeling with 13C, 15N (U-80% 13C, U-100% 15N)	100% D2O
3	Uniform labeling with 15N (U-100% 15N)	90% H2O/10% D2O
4	Uniform labeling with 15N (U-100% 15N)	100% D2O

試料状態

イオン強度: 50 mM citrate, 300 mM NaCl, 20 mM DTT / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 305 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	BRUKER	解析
Sparky	3.11	Goddard T.D. and Kneller D.G.	データ解析
INCA	1	Gilquin B.	構造決定
INCA	1	Gilquin B.	精密化

精密化

手法: mix of manual, automatic NOE assignment procedure / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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