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- PDB-2hvw: Crystal structure of dCMP deaminase from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvw
タイトルCrystal structure of dCMP deaminase from Streptococcus mutans
要素deoxycytidylate deaminase
キーワードHYDROLASE / 3-layer (alpha-beta)-sandwich / protein-liand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dCMP deaminase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxycytidylate deaminase domain / Deoxycytidylate deaminase-related / Deoxycytidylate deaminase / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. ...Deoxycytidylate deaminase domain / Deoxycytidylate deaminase-related / Deoxycytidylate deaminase / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3,4-DIHYDRO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Deoxycytidylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Hou, H.F. / Gao, Z.Q. / Li, L.F. / Liang, Y.H. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Streptococcus mutans 2'-deoxycytidylate deaminase and its complex with substrate analog and allosteric regulator dCTP x Mg2+.
著者: Hou, H.F. / Liang, Y.H. / Li, L.F. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: deoxycytidylate deaminase
B: deoxycytidylate deaminase
C: deoxycytidylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,30421
ポリマ－61,2433
非ポリマー3,06218
水14,124784
1
A: deoxycytidylate deaminase
B: deoxycytidylate deaminase
C: deoxycytidylate deaminase
ヘテロ分子

A: deoxycytidylate deaminase
B: deoxycytidylate deaminase
C: deoxycytidylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,60942
ポリマ－122,4856
非ポリマー6,12336
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)95.498, 99.657, 141.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 deoxycytidylate deaminase


分子量: 20414.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: comEB / プラスミド: PET28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DSE5, dCMP deaminase

-
非ポリマー , 6種, 802分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-DDN / 3,4-DIHYDRO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ((2R,3S,5R)-3-HYDROXY-5-(4-HYDROXY-2-OXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 310.198 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O8P
#6: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, PH6.5, 12% Dioxane, 1.6M Ammonium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.8 % / Av σ(I) over netI: 10.1 / 数: 726299 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1 / D res high: 1.66 Å / D res low: 16 Å / Num. obs: 74017 / % possible obs: 92.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.561699.210.03719.7
2.833.5698.110.0441.05110
2.482.8397.210.0651.05610.1
2.252.4896.310.0821.05310.1
2.092.2595.410.1061.04310.1
1.972.0994.710.150.99210.1
1.871.9793.810.2140.97810.1
1.791.8793.210.3030.92910.1
1.721.7992.410.3950.90510
1.661.7268.610.4670.8857.2
反射解像度: 1.66→16 Å / Num. all: 79673 / Num. obs: 74017 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Num. unique all: 5412 / Χ2: 0.885 / % possible all: 68.6

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.67 Å15.9 Å
Translation1.67 Å15.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HVV

2hvv


解像度: 1.67→16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.303 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. There were three positions for the depositor to locate two atoms (CG1/CG2) for the residues VAL(A32),VAL(A94),VAL(B32),VAL(B94) and VAL(C94) ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. There were three positions for the depositor to locate two atoms (CG1/CG2) for the residues VAL(A32),VAL(A94),VAL(B32),VAL(B94) and VAL(C94) and (CD1/CD2) for LEU(C107). All these sites have almost the same electron density(about 4sigma), so he placed the alternate comformations with one of (CG1/CG2) or (CD1/CD2). There are chirality errors at CB center among those conformations.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3722 5 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.151 79673 --
obs0.15 74010 94.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 171 784 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.9815087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5955436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70325.053188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.815645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6431521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22621
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.52238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89223531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46931694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1384.51556
LS精密化 シェル解像度: 1.667→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 206 -
Rwork0.283 4161 -
obs-4367 76.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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