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- PDB-2hvk: crystal structure of the KcsA-Fab-TBA complex in high K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvk
タイトルcrystal structure of the KcsA-Fab-TBA complex in high K+
要素
  • (Antibody Fab ...) x 2
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel / tetrabutylammonium / K+ / KcsA
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NONAN-1-OL / : / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE / TETRABUTYLAMMONIUM ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhou, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic Study of the Tetrabutylammonium Block to the KcsA K(+) Channel.
著者: Yohannan, S. / Hu, Y. / Zhou, Y.
履歴
登録2006年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,09412
ポリマ－60,0593
非ポリマー1,0369
水3,207178
1
A: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: Antibody Fab heavy chain
B: Antibody Fab light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,37848
ポリマ－240,23412
非ポリマー4,14436
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area38690 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area85990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.874, 155.874, 76.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-3001-

K

21C-3002-

K

31C-3003-

K

41C-3004-

K

51C-3005-

K

61C-3006-

K

71C-4001-

TBA

詳細Chain A and B assemble to form the biological unit of Fab. / Chain A and B assemble to form the biological unit Fab. / The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -X,-Y,Z -Y,X,Z Y,-X,Z 1/2+X,1/2+Y,1/2+Z 1/2-X,1/2-Y,1/2+Z 1/2-Y,1/2+X,1/2+Z 1/2+Y,1/2-X,1/2+Z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Voltage-gated potassium channel


分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Mutation: P2A, L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: P0A334

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody Fab heavy chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody Fab light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 187分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-L2C / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE


分子量: 414.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O5
#7: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 18-25% PEG 400, 50mM Mg(Ac)2, 50mM NaAc (pH5) or Na Cacodylate (pH6) or Hepes (PH 7), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 71937 / Num. obs: 71466 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Num. unique all: 6654 / Χ2: 0.927 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1K4C

1k4c


解像度: 1.9→27 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3610 5 %random
Rwork0.228 ---
all0.228 71937 --
obs0.228 71348 99.2 %-
溶媒の処理Bsol: 41.126 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 37.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.738 Å20 Å20 Å2
2---4.738 Å20 Å2
3---9.476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 62 178 4274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3single_atoms.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5lipid.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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