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- PDB-2hul: Crystal structure of T4 Lysozyme S44C synthetic dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hul
タイトルCrystal structure of T4 Lysozyme S44C synthetic dimer
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / T4 Lysozyme synthetic dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Banatao, D.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: An approach to crystallizing proteins by synthetic symmetrization.
著者: Banatao, D.R. / Cascio, D. / Crowley, C.S. / Fleissner, M.R. / Tienson, H.L. / Yeates, T.O.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE. THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER FORMED BY DISULFIDE BOND BETWEEN CYSTEINES 44. THE DISULFIDE BOND OVERLAPS WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS. THE DIMER IS A SYMMETRICAL DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3058
ポリマ－18,6441
非ポリマー6617
水2,522140
1
A: Lysozyme
ヘテロ分子

A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,61016
ポリマ－37,2892
非ポリマー1,32114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3240 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.598, 28.926, 88.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18644.428 Da / 分子数: 1 / 変異: S44C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 変異: C54T / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 変異: C97A / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
解説: Terminal residues 163 and 164 for T4 lysozyme have poor electron density. This should be taken into account when using this structure as a model.
結晶化温度: 298 K / pH: 6.7
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Cacodylate pH 6.7, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.70

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→77.38 Å / Num. obs: 19413 / % possible obs: 99.1 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C6T

1c6t


解像度: 1.8→40.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.048 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DIFFERENCE MAPS SHOW THAT DISULFIDE BONDS ARE PARTIALLY BROKEN DUE TO SYNCHOTRON RADIATION. THE PRESENCE OF DISULFIDE BONDS WAS CONFIRMED BY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DIFFERENCE MAPS SHOW THAT DISULFIDE BONDS ARE PARTIALLY BROKEN DUE TO SYNCHOTRON RADIATION. THE PRESENCE OF DISULFIDE BONDS WAS CONFIRMED BY GEL ELECTROPHORESIS AND CHROMATOGRAPHY PRIOR TO CRYSTALLIZATION. FOR MORE INFORMATION ON THIS PHENOMENON WE REFER TO: BANUMATHI ET AL. "STRUCTURAL EFFECTS OF RADIATION DAMAGE AND ITS POTENTIAL FOR PHASING", ACTA CRYST.(D60),1085-93,2004.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 998 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 18415 99.8 %-
all-19413 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å2-0.18 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 38 140 1486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9761866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7335168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15323.38565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25615254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.5860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55921325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6873606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1474.5540
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 63 -
Rwork0.197 1329 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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