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万見
- PDB-2hug: 3D Solution Structure of the Chromo-2 Domain of cpSRP43 complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hug
タイトル3D Solution Structure of the Chromo-2 Domain of cpSRP43 complexed with cpSRP54 peptide
要素
  • Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplast
  • Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplast
キーワードPLANT PROTEIN / Chromo-2 domain / cpSRP43 / LHCP / thylakoid / protein translocation / cpSRP54
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / chloroplast envelope / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane ...protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / chloroplast envelope / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle 43kDa protein / : / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily ...Signal recognition particle 43kDa protein / : / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic / Signal recognition particle subunit SRP54, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Kathir, K.M. / Vaithiyalingam, S. / Henry, R. / Thallapuranam, S.K.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Assembly of chloroplast signal recognition particle involves structural rearrangement in cpSRP43.
著者: Kathir, K.M. / Rajalingam, D. / Sivaraja, V. / Kight, A. / Goforth, R.L. / Yu, C. / Henry, R. / Kumar, T.K.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplast
B: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplast


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0642
ポリマ－8,0642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200
代表モデルlowest energy

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplast / CpSRP43 / Chromo protein SRP43


分子量: 6548.151 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromo-2 domain (residues 265-319) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22265
#2: タンパク質・ペプチド Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplast / SRP54 / 54 / chloroplast protein / 54CP / FFC


分子量: 1515.740 Da / 分子数: 1 / 断片: M-domain (residues 530-543) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37107

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 1.5mM Chromo domain-2;Uniform labeling with 13C, 15N at known labeling levels: U-95% 13C;U-98% 15N; PBS buffer.
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker解析
ARIA/CNS精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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