PDB-2hqt: Crystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hqt

タイトル

Crystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA aminoacylation and nuclear export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold

要素

GU4 nucleic-binding protein 1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / RNA BINDING / GST-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

methionyl glutamyl tRNA synthetase complex / glutamyl-tRNA aminoacylation / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / enzyme activator activity / cytoplasmic stress granule / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Simader, H. / Hothorn, M. / Suck, D.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA-aminoacylation and nuclear-export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold.
著者: Simader, H. / Hothorn, M. / Suck, D.

履歴

登録	2006年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	2hraC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c4w-d 2rs6-d 6j08-1 6jny-2 2dma-d 5l0y-6 5lpi-3 2mw1-d 5ptm-1 5ps5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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登録構造単位

A: GU4 nucleic-binding protein 1

B: GU4 nucleic-binding protein 1

C: GU4 nucleic-binding protein 1

D: GU4 nucleic-binding protein 1

E: GU4 nucleic-binding protein 1

F: GU4 nucleic-binding protein 1

G: GU4 nucleic-binding protein 1

H: GU4 nucleic-binding protein 1

I: GU4 nucleic-binding protein 1

J: GU4 nucleic-binding protein 1

K: GU4 nucleic-binding protein 1

L: GU4 nucleic-binding protein 1

M: GU4 nucleic-binding protein 1

N: GU4 nucleic-binding protein 1

O: GU4 nucleic-binding protein 1

P: GU4 nucleic-binding protein 1

Q: GU4 nucleic-binding protein 1

R: GU4 nucleic-binding protein 1

S: GU4 nucleic-binding protein 1

T: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

285 kDa, 20 ポリマー
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1

A: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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2

B: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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3

C: GU4 nucleic-binding protein 1

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4

D: GU4 nucleic-binding protein 1

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5

E: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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6

F: GU4 nucleic-binding protein 1

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7

G: GU4 nucleic-binding protein 1

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8

H: GU4 nucleic-binding protein 1

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9

I: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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10

J: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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11

K: GU4 nucleic-binding protein 1

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12

L: GU4 nucleic-binding protein 1

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13

M: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

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14

N: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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15

O: GU4 nucleic-binding protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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16

P: GU4 nucleic-binding protein 1

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17

Q: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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18

R: GU4 nucleic-binding protein 1

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19

S: GU4 nucleic-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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20

T: GU4 nucleic-binding protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	222.317, 89.463, 126.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	GU4 nucleic-binding protein 1 / G4p1 protein / P42 / ARC1 protein 分子量: 14198.076 Da / 分子数: 20 / 断片: residues 1-122 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ARC1 / プラスミド: pETm-derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Star / 参照: UniProt: P46672
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 35 % PEG3350, 100 mM LiSO4, 50 mM Tris-acetate pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	0.97925, 0.97945, 0.95375
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	0.95372

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2004年12月17日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年4月29日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LN2 cooled channel-cut Si(111) monocrystal monochromator	MAD	M	x-ray	1
2	LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97925	1
2	0.97945	1
3	0.95375	1
4	0.95372	1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 187177 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 26403 / R_sym value: 0.44 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.628 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26239	9383	5 %	RANDOM
R_work	0.20925	-	-	-
all	0.21193	183275	-	-
obs	0.21193	177795	97.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18561	0	50	1365	19976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	18981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.958	25892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	29939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.054	5	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.008	24.882	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.16	15	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.808	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	20461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	12980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	9088
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.35	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.978	1.5	15224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.218	1.5	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.221	2	19273
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.251	3	8343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.088	4.5	6619

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	658	-
R_work	0.257	13032	-
obs	-	-	96.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7231	-0.0064	0.8477	2.05	0.0358	5.5166	-0.152	0.4472	0.4361	-0.2745	-0.1054	-0.2126	-0.6301	0.457	0.2574	-0.2022	-0.0129	-0.0115	-0.1933	0.0897	-0.021	41.3732	24.0738	19.7431
2	0.9369	-0.3219	0.2824	1.8595	-1.7059	5.6683	-0.0112	-0.1435	-0.012	0.0776	0.025	0.1565	-0.1627	-0.4849	-0.0138	-0.2736	0.0305	0.0068	-0.2332	-0.0086	-0.1799	36.0531	14.0739	50.657
3	2.508	-0.5806	-1.1198	2.7516	-2.454	7.4744	0.0963	0.4434	-0.0748	-0.3407	-0.1529	-0.4362	0.5062	0.8144	0.0566	-0.1255	0.1535	0.011	0.0745	0.0361	-0.1083	55.4008	6.9293	18.7102
4	3.5639	-0.5571	-0.153	2.5463	-0.2026	4.2995	0.0954	-0.1172	-0.2701	0.1178	-0.1194	-0.1182	0.434	0.2182	0.0241	-0.204	0.061	-0.0436	-0.2787	0.0073	-0.1747	47.603	-3.5626	47.1028
5	3.4064	-0.2271	-0.3937	2.7296	-0.4217	5.5628	0.0029	0.0756	0.4282	-0.2023	-0.0598	-0.2139	-0.9887	-0.0888	0.0569	-0.0709	0.0063	-0.0229	-0.2878	-0.0297	-0.0802	89.1345	23.727	16.6382
6	2.1253	0.6968	-0.785	1.7088	-1.2208	8.5341	-0.0813	-0.1069	0.1054	0.1264	-0.0411	0.1012	-0.512	-0.3702	0.1224	-0.2587	0.0517	0.0108	-0.0825	-0.1436	-0.2049	81.9578	13.8128	47.0097
7	2.4108	-0.1437	-0.6452	2.4066	-0.3168	3.7633	-0.1297	0.2485	0.1243	-0.2934	-0.06	-0.0624	0.287	0.0773	0.1897	-0.2252	-0.0169	0.0105	-0.2355	0.051	-0.2375	98.854	4.3935	13.5167
8	2.7777	-0.9221	-1.7898	2.0281	-0.5241	9.7364	-0.4016	-0.3043	-0.5256	0.2686	-0.0999	0.0259	1.2023	-0.0333	0.5015	-0.0019	-0.0207	0.1057	-0.1802	-0.012	-0.1472	89.8473	-4.8144	42.4768
9	3.7476	-0.0441	-1.8745	1.981	-0.6671	7.3701	0.1257	0.1159	0.5205	-0.2241	-0.0296	-0.1096	-0.7877	-0.0766	-0.0961	-0.1128	-0.0097	-0.0128	-0.2856	-0.005	0.0058	66.5513	-20.8499	15.7334
10	2.4282	0.3506	-0.3893	1.2299	-1.3192	8.0379	-0.029	-0.2353	0.1368	0.0656	-0.0437	0.0939	-0.1593	0.1243	0.0726	-0.2895	0.0525	-0.0018	-0.2154	-0.0875	-0.1482	59.0451	-30.3867	45.775
11	3.3435	0.0433	-1.7576	2.5146	-1.3002	7.8605	-0.1712	0.0572	-0.0198	-0.3313	-0.0826	-0.282	0.7598	0.5837	0.2538	-0.0763	0.0867	0.0395	-0.1644	0.0343	-0.1537	76.2078	-40.5206	12.6829
12	3.4844	0.7653	-0.9386	2.7116	-0.5951	6.0076	-0.2636	-0.2569	-0.4962	0.0389	-0.0055	-0.005	0.8427	0.3532	0.2691	0.0541	0.1233	0.0308	-0.2041	0.007	-0.1081	65.2771	-49.873	41.3509
13	2.4106	0.6946	-1.9376	3.6596	-0.0059	5.7305	0.2041	0.0169	0.2777	-0.2792	-0.275	-0.0965	-1.3539	-0.2175	0.0708	0.169	0.072	-0.0166	-0.2237	-0.0099	-0.1514	109.1934	-21.0079	17.0651
14	3.042	0.5424	-2.9518	2.5708	-1.9402	13.6228	0.0468	-0.3972	0.1167	0.4933	-0.3204	0.0616	-1.5935	-0.1326	0.2736	0.0832	0.0122	0.0268	-0.1255	-0.0665	-0.1876	103.1855	-31.6828	48.2927
15	2.8709	0.5202	-0.7589	2.7643	0.0526	2.8797	-0.1255	0.1111	-0.0499	-0.2327	-0.0757	-0.0611	0.06	0.3829	0.2012	-0.2307	0.0042	-0.0137	-0.1691	0.092	-0.2075	121.0475	-39.9471	15.0486
16	1.8507	-1.1147	-0.9386	1.9893	-0.6244	6.7322	-0.2139	-0.1509	-0.4031	0.2803	-0.1226	0.0544	0.7257	0.2145	0.3365	-0.0335	0.0277	0.09	-0.1322	0.0622	-0.1422	111.9684	-50.4103	44.1481
17	2.2145	-0.0728	0.3801	2.2989	0.3315	3.9736	-0.0817	0.3121	0.2448	-0.2776	-0.0608	-0.1242	-0.623	0.3297	0.1426	-0.2039	-0.0158	0.0186	-0.2299	0.0727	-0.1747	129.8474	24.185	18.557
18	1.8514	-0.0212	-0.0179	1.7036	-1.3983	6.0499	-0.0356	-0.2936	0.004	0.1731	0.0048	0.0565	-0.2831	-0.2309	0.0308	-0.3014	0.018	0.0246	-0.2584	0.0206	-0.2331	124.6507	13.7401	49.7219
19	2.7143	-0.099	-0.6138	1.7872	-1.3147	4.8883	0.0586	0.2975	-0.1627	-0.1847	-0.1201	-0.2244	0.2986	0.5168	0.0615	-0.1897	0.1241	0.0146	-0.0628	-0.0049	-0.1792	144.1529	7.4786	17.3807
20	2.3321	-0.9335	0.0045	3.207	-1.0837	6.0798	0.0559	-0.1368	-0.2893	0.0355	-0.0202	-0.028	0.6119	0.1344	-0.0356	-0.1722	0.0545	-0.0288	-0.2788	0.0269	-0.1945	136.3058	-3.6791	46.2009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 119	4 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	5 - 121	5 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	5 - 121	5 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 122	3 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	5 - 121	5 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 120	4 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	4 - 121	4 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	5 - 121	5 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	5 - 121	5 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	4 - 121	4 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	4 - 121	4 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	4 - 120	4 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	4 - 120	4 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	4 - 121	4 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	4 - 121	4 - 121
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	3 - 120	3 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	Q	4 - 119	4 - 119
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	R	5 - 121	5 - 121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	S	5 - 120	5 - 120
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	T	3 - 122	3 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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