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- PDB-2hpv: Crystal structure of FMN-Dependent azoreductase from Enterococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hpv
タイトルCrystal structure of FMN-Dependent azoreductase from Enterococcus faecalis
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Azoreductase / Enterococcus faecalis / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Chen, L. / Chen, H. / Rose, J. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Fmn-Dependent Azoreductase from Enterococcus faecalis at 2.00 A resolution
著者: Liu, Z.J. / Chen, H. / Chen, L. / Shah, N. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5568
ポリマ－93,7314
非ポリマー1,8254
水8,899494
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7784
ポリマ－46,8662
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA, PQS
2
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7784
ポリマ－46,8662
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.038, 99.629, 106.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B
22C
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 208 / Label seq-ID: 2 - 208

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12BB
22CC
13CC
23DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
FMN-dependent NADH-azoreductase


分子量: 23432.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: azoR, azoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: Q831B2, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.09M HEPES/NAOH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.09M HEPES/NAOH BUFFER, 1.26M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 10% V/V GLYCEROL, pH 7.5, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月26日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.8 Å / Num. obs: 64925 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique all: 5096 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Sca2Structureモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→25.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.093 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24952 3450 5 %RANDOM
Rwork0.19932 ---
all0.20183 64925 --
obs0.20183 64925 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6524 0 124 494 7142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9819236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7045824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.81625.316316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.163151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4551.54304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90826652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01133058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3264.52584
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A828medium positional0.190.5
2B828medium positional0.130.5
3C828medium positional0.150.5
1A803loose positional0.545
2B803loose positional0.595
3C803loose positional0.535
1A828medium thermal2.152
2B828medium thermal1.12
3C828medium thermal1.972
1A803loose thermal2.9710
2B803loose thermal210
3C803loose thermal2.5410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 160 -
Rwork0.284 3214 -
obs--65.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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