PDB-2hpv: Crystal structure of FMN-Dependent azoreductase from Enterococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hpv

タイトル

Crystal structure of FMN-Dependent azoreductase from Enterococcus faecalis

要素

FMN-dependent NADH-azoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Azoreductase / Enterococcus faecalis / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, Z.J. / Chen, L. / Chen, H. / Rose, J. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Fmn-Dependent Azoreductase from Enterococcus faecalis at 2.00 A resolution
著者: Liu, Z.J. / Chen, H. / Chen, L. / Shah, N. / Rose, J.P. / Wang, B.C.

履歴

登録	2006年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hpv.cif.gz	184.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hpv.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jxn-1 6jxs-2 4tqs-1 6jxs-1 3w78-2 1acj-d 3cts-d 5e2i-d 4qz9-d 3w79-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: FS-Azoa

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN-dependent NADH-azoreductase

B: FMN-dependent NADH-azoreductase

C: FMN-dependent NADH-azoreductase

D: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FMN-dependent NADH-azoreductase

B: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FMN-dependent NADH-azoreductase

D: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.038, 99.629, 106.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	B
2	2	C
1	3	C
2	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 208 / Label seq-ID: 2 - 208

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	B	B
2	2	C	C
1	3	C	C
2	3	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	FMN-dependent NADH-azoreductase 分子量: 23432.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: azoR, azoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: Q831B2, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.09M HEPES/NAOH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.09M HEPES/NAOH BUFFER, 1.26M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 10% V/V GLYCEROL, pH 7.5, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %

結晶化

温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 0.09M HEPES/NAOH ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 94 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月26日 / 詳細: ROSENBAUM
放射	モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25.8 Å / Num. obs: 64925 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique all: 5096 / R_sym value: 0.457 / % possible all: 65.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Sca2Structure		モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SCA2STRUCTURE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→25.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 4.093 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24952	3450	5 %	RANDOM
R_work	0.19932	-	-	-
all	0.20183	64925	-	-
obs	0.20183	64925	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6524	0	124	494	7142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	6792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.66	1.981	9236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.704	5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.816	25.316	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.163	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.835	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.263	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.455	1.5	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.908	2	6652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.011	3	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.326	4.5	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	828	medium positional	0.19	0.5
2	B	828	medium positional	0.13	0.5
3	C	828	medium positional	0.15	0.5
1	A	803	loose positional	0.54	5
2	B	803	loose positional	0.59	5
3	C	803	loose positional	0.53	5
1	A	828	medium thermal	2.15	2
2	B	828	medium thermal	1.1	2
3	C	828	medium thermal	1.97	2
1	A	803	loose thermal	2.97	10
2	B	803	loose thermal	2	10
3	C	803	loose thermal	2.54	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	160	-
R_work	0.284	3214	-
obs	-	-	65.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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