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万見
- PDB-2hpu: Solution NMR structure of the apo-NosL protein from Achromobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hpu
タイトルSolution NMR structure of the apo-NosL protein from Achromobacter cycloclastes
要素NosL protein
キーワードMETAL TRANSPORT / alpha beta topology
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2050 / Alpha-Beta Plaits - #2060 / Nitrous oxide reductase accessory protein NosL / NosL / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-binding lipoprotein NosL
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法溶液NMR / Ambiguous Restraints for Iterative Assignment (ARIA 1.2),torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Taubner, L.M. / McGuirl, M.A. / Dooley, D.M. / Copie, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Studies of Apo Nosl, an Accessory Protein of the Nitrous Oxide Reductase System: Insights from Structural Homology with MerB, a Mercury Resistance Protein.
著者: Taubner, L.M. / McGuirl, M.A. / Dooley, D.M. / Copie, V.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NosL protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5521
ポリマ－18,5521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 NosL protein


分子量: 18551.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
株: IAM1013 / 遺伝子: nosL / プラスミド: pET-20b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68481

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HNCO
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151C(CO)NH
161HCC(CO)NH
1731H-13C-CT HSQC
183(H)CCH-TOCSY
1923D 15N NOESY
110215N NOESY-HSQC
111313C NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: Sequential and intra-residue 1H, 15N, and 13C backbone and side-chain chemical shift assignments were extracted from a series of double and triple resonance NMR experiments (HNCA, HNCO, HNCACB, ...Text: Sequential and intra-residue 1H, 15N, and 13C backbone and side-chain chemical shift assignments were extracted from a series of double and triple resonance NMR experiments (HNCA, HNCO, HNCACB, CBCA(CO)NH, C(CO)NH, HCC(CO)NH, 1H-13C-CT HSQC,and HCCH-TOCSY) conducted on a DRX600. nOe data were obtained from 3D 15N NOESY experiments with mixing times (tmix) of 100, 120, and 140 msec and from 3D HCHC-NOESY (tmix=140 msec) spectra acquired at 600 MHz. Additional 15N NOESY-HSQC and 13C NOESY-HSQC experiments (nOe mixing times of 120 msec) were acquired on a Varian 800 INOVA (800 MHz) instrument.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM NosL, U-15N, 13C; 100mM sodium phosphate; 1mM EDTA; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM NosL, U-15N; 100mM sodium phosphate; 1mM EDTA; 1mM DTT; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0 mM NosL, U-15N, 13C; 100mM sodium phosphate; 1mM EDTA; 1mM DTT; > 95% D2O> 95% D2O
試料状態イオン強度: 100mM sodium phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.1Bruker Inc.解析
NMRPipe2.4Delaglio解析
NMRView5Johnsonデータ解析
ARIA1.2Nilges構造決定
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
精密化手法: Ambiguous Restraints for Iterative Assignment (ARIA 1.2),torsion angle dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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