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万見
- PDB-6l7z: Solution NMR structure of the N-terminal immunoglobulin variable ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l7z
タイトルSolution NMR structure of the N-terminal immunoglobulin variable domain of BTNL2
要素Butyrophilin-like protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / T cell co-inhibitory molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Basak, A.J. / Lee, W. / Samanta, D. / De, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)ECR/2016/000847 インド
Department of Science & Technology (DST, India)ECR/2016/000923 インド
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into N-terminal IgV Domain of BTNL2, a T Cell Inhibitory Molecule, Suggests a Non-canonical Binding Interface for Its Putative Receptors.
著者: Basak, A.J. / Maiti, S. / Hansda, A. / Mahata, D. / Duraivelan, K. / Kundapura, S.V. / Lee, W. / Mukherjee, G. / De, S. / Samanta, D.
履歴
登録2019年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3401
ポリマ－13,3401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin-like protein 2


分子量: 13340.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Btnl2, Gm315, Ng9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O70355
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
222isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
232isotropic13D CBCA(CO)NH
242isotropic13D HN(CA)CB
252isotropic13D HNCO
262isotropic13D (H)CCH-TOCSY
272isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic12D 1H-1H NOESY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-15N TOCSY
2112isotropic13D 1H-13C NOESY
2122isotropic13D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 15N] BTNL2, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O15N_sample93% H2O/7% D2O
solution20.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BTNL2, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O15N_13C_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMBTNL2[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.4 mMBTNL2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
190 mMconditions_16.51 atm298 K
290 mMconditions_26.51 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cryoprobe equipped

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
PONDEROSA-C/SLee W, Petit CM, Cornilescu G, Stark JL, Markley JLstructure calculation
PONDEROSA-C/SLee W, Petit CM, Cornilescu G, Stark JL, Markley JL精密化
PyMOLThe PyMOL Molecular Graphics System, Version 2.0 Schrodinger, LLC.精密化
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JL精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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