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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hp4
タイトルComputational design and crystal structure of an enhanced affinity mutant human CD8-alpha-alpha co-receptor
要素T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD8 / Co-receptor / Soluble protein / KD / Protein engineering / Immunotherapy / Immune-suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / antigen processing and presentation / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Jakobsen, B.K. / Boulter, J.M. / Glick, M. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Computational design and crystal structure of an enhanced affinity mutant human CD8 alphaalpha coreceptor
著者: Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Boulter, J.M. / Sami, M. / Vuidepot, A.-L. / Glick, M. / Gao, F. / Bell, J.I. / Jakobsen, B.K. / Gao, G.F.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
B: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,53811
ポリマ－25,6892
非ポリマー8499
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
2
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
ヘテロ分子

A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
ヘテロ分子

B: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
ヘテロ分子

B: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,07522
ポリマ－51,3784
非ポリマー1,69718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z+1/31
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/31
Buried area7260 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.723, 99.723, 55.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-439-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31B
41A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROBB1 - 391 - 39
21PROPROAA1 - 391 - 39
32ALAALABB45 - 11445 - 114
42ALAALAAA45 - 11445 - 114

-
要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-lymphocyte differentiation antigen T8/Leu-2 / CD8a antigen


分子量: 12844.512 Da / 分子数: 2 / 断片: HLA Co-receptor, Ig-like V-type / 変異: C33A/S53N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBJ112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01732
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 25.5% PEG 8000, 0.085M Sodium Cacodylate, 0.17M Ammonium Sulphate, 15% Glycerol, 3% Ethylene Glycol, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月21日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.185 Å / Num. obs: 19090 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.17 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 94.84

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.376 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.656
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å28.79 Å
Translation3 Å28.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.2.5データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CD8

1cd8


解像度: 2.1→29.185 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.06 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23316 930 5.1 %RANDOM
Rwork0.18217 ---
obs0.18464 17444 98.54 %-
all-18374 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 49 282 2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9782620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72233204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0775234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.1522.95588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.33115296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.3321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.31406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.5898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.5995
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.5304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2080.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.550
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.46121444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5842458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96231858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0784920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3336758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1513 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.20.5
medium thermal0.692
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 66 -
Rwork0.229 1246 -
obs--94.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03740.1496-0.22870.8444-0.06220.96710.00640.0557-0.0417-0.04150.0141-0.02580.0240.0291-0.0205-0.1780.0123-0.0165-0.1388-0.002-0.186711.548639.7464-0.1095
22.054-0.1801-0.01410.89720.14071.1540.009-0.1009-0.05050.03380.0118-0.00110.039-0.0581-0.0208-0.1813-0.0127-0.0113-0.1480.0022-0.1911-11.576739.74993.3476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 391 - 39
2X-RAY DIFFRACTION1AA45 - 11445 - 114
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 391 - 39
4X-RAY DIFFRACTION2BB45 - 11445 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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