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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hoi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tetrameric pre-cleavage synaptic complex in the cre-loxp site-specific recombination | ||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION/DNA / CRE-LOXP PRECLEAVAGE SYNAPSE / RECOMBINATION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage P1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, K. / Van Duyne, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Synapsis of loxP sites by Cre recombinase. 著者: Ghosh, K. / Guo, F. / Van Duyne, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hoi.cif.gz | 350.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hoi.ent.gz | 274.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hoi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2hoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2hoi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 10703.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 10815.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: タンパク質 | 分子量: 38537.062 Da / 分子数: 4 / Mutation: K201A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 属: P1-like viruses / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06956 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MPD, SODIUM ACETATE, CALCIUM CHLORIDE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.078 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月5日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.601→19.92 Å / Num. all: 72945 / Num. obs: 59441 / % possible obs: 81.49 % / Rsym value: 0.09 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.601 Å / Rsym value: 0.198 / % possible all: 81.64 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CRX 解像度: 2.601→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 8.873 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.791 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.818 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.601→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.601→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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