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- PDB-2hms: Rectangular-shaped octameric ring structure of an RCK domain with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hms
タイトルRectangular-shaped octameric ring structure of an RCK domain with NADH bound
要素YuaA protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RCK / KTN / KTR / KTRA / KTRAB / ion transporter / symporter
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Ktr system potassium uptake protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Albright, R.A. / Morais-Cabral, J.H.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The RCK Domain of the KtrAB K(+) Transporter: Multiple Conformations of an Octameric Ring.
著者: Albright, R.A. / Ibar, J.L. / Kim, C.U. / Gruner, S.M. / Morais-Cabral, J.H.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: A Mechanism of Regulating Transmembrane Potassium Flux through a Ligand-Mediated Conformational Switch
著者: Roosild, T.P. / Miller, S. / Booth, I.R. / Choe, S.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Crystal structure and mechanism of a calcium-gated potassium channel
著者: Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 7 .. 144 C 7 .. 144 0.245 M 1 B 7 .. 140 D 7 .. 140 0.146 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK:

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YuaA protein
B: YuaA protein
C: YuaA protein
D: YuaA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9688
ポリマ－64,3064
非ポリマー2,6624
水48627
1
A: YuaA protein
B: YuaA protein
C: YuaA protein
D: YuaA protein
ヘテロ分子

A: YuaA protein
B: YuaA protein
C: YuaA protein
D: YuaA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,93516
ポリマ－128,6128
非ポリマー5,3248
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_755-x+y+2,y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)164.881, 164.881, 57.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, -0.0112, 0.0031), (0.0108, -0.7932, 0.6089), (-0.0044, 0.6089, 0.7932)
ベクター: 174.4428, -1.514, 0.7045)
詳細The biological assembly is an octameric ring generated from the two dimers of the asymmetric unit by applying these symmetry operators: X, Y, Z and 2+Y-X, Y, 1/3-Z

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要素

#1: タンパク質
YuaA protein


分子量: 16076.447 Da / 分子数: 4 / 断片: RCK core domain (KTN), residues 1-144 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yuaA / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100mM sodium acetate pH 5.2, 2M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 24595 / Num. obs: 24578 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Num. unique all: 2428 / Χ2: 1.037 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: single domain from PDB entry 1LSU

1lsu


解像度: 2.7→50 Å / FOM work R set: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2322 9.5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.212 23550 96.4 %-
all-24595 --
溶媒の処理Bsol: 51.66 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 66.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.916 Å2-5.591 Å20 Å2
2--7.916 Å20 Å2
3----15.832 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4250 0 176 27 4453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.234
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.7-2.720.545430.373442485
2.72-2.740.384380.356436474
2.74-2.760.435460.349401447
2.76-2.780.444350.321438473
2.78-2.810.384460.351443489
2.81-2.830.362460.312437483
2.83-2.850.314570.285433490
2.85-2.880.335310.325448479
2.88-2.90.325500.292430480
2.9-2.930.338580.354429487
2.93-2.960.283490.326438487
2.96-2.990.305470.31448495
2.99-3.020.373500.293469519
3.02-3.050.368540.271445499
3.05-3.080.282560.294431487
3.08-3.110.284370.258473510
3.11-3.150.24510.253453504
3.15-3.190.387580.295483541
3.19-3.220.272560.255422478
3.22-3.270.244550.251448503
3.27-3.310.22590.245485544
3.31-3.350.266700.234451521
3.35-3.40.275430.23475518
3.4-3.450.293600.243450510
3.45-3.510.271630.211461524
3.51-3.560.197540.197467521
3.56-3.630.237490.228472521
3.63-3.690.306440.203470514
3.69-3.760.243410.236491532
3.76-3.840.217420.197492534
3.84-3.920.196490.215457506
3.92-4.010.205460.19483529
4.01-4.110.196480.163486534
4.11-4.220.211470.186464511
4.22-4.350.173410.138496537
4.35-4.490.193570.151465522
4.49-4.650.224490.18484533
4.65-4.840.242510.178485536
4.84-5.060.274530.189463516
5.06-5.320.193690.18476545
5.32-5.660.28410.241489530
5.66-6.090.326510.235479530
6.09-6.70.198610.236479540
6.7-7.670.225620.149477539
7.67-9.650.2570.166490547
9.65-500.275520.228494546
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3nadh_ADJUSTED.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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