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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hms | ||||||
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タイトル | Rectangular-shaped octameric ring structure of an RCK domain with NADH bound | ||||||
![]() | YuaA protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / RCK / KTN / KTR / KTRA / KTRAB / ion transporter / symporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Albright, R.A. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The RCK Domain of the KtrAB K(+) Transporter: Multiple Conformations of an Octameric Ring. 著者: Albright, R.A. / Ibar, J.L. / Kim, C.U. / Gruner, S.M. / Morais-Cabral, J.H. #1: ![]() タイトル: A Mechanism of Regulating Transmembrane Potassium Flux through a Ligand-Mediated Conformational Switch 著者: Roosild, T.P. / Miller, S. / Booth, I.R. / Choe, S. #2: ![]() タイトル: Crystal structure and mechanism of a calcium-gated potassium channel 著者: Jiang, Y. / Lee, A. / Chen, J. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 295 | NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 7 .. 144 C 7 .. 144 0.245 M 1 B 7 .. 140 D 7 .. 140 0.146 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, -0.0112, 0.0031), ベクター: 詳細 | The biological assembly is an octameric ring generated from the two dimers of the asymmetric unit by applying these symmetry operators: X, Y, Z and 2+Y-X, Y, 1/3-Z | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16076.447 Da / 分子数: 4 / 断片: RCK core domain (KTN), residues 1-144 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 100mM sodium acetate pH 5.2, 2M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 24595 / Num. obs: 24578 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Num. unique all: 2428 / Χ2: 1.037 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: single domain from PDB entry 1LSU 解像度: 2.7→50 Å / FOM work R set: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 51.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.616 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46
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Xplor file |
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