+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hmi | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE/FRAGMENT OF FAB 28/DNA COMPLEX | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/DNA / AIDS / HIV-1 / RT / POLYMERASE / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ding, J. / Arnold, E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and functional implications of the polymerase active site region in a complex of HIV-1 RT with a double-stranded DNA template-primer and an antibody Fab fragment at 2.8 A resolution. 著者: Ding, J. / Das, K. / Hsiou, Y. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ![]() タイトル: Crystallization of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase with and without Nucleic Acid Substrates, Inhibitors, and an Antibody Fab Fragment 著者: Clark Junior, A.D. / Jacobo-Molina, A. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Junior, R.H. / Koepke, M.K. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA 著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #6: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase/DNA Complex at 7 A Resolution Showing Active Site Locations 著者: Arnold, E. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Williams, R.L. / Lu, X. / Ding, J. / Clark Junior, A.D. / Zhang, A. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 241.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#1: DNA鎖 | 分子量: 5864.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 5484.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 64274.652 Da / 分子数: 1 / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 50281.762 Da / 分子数: 1 / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 ISOLATE / 発現宿主: ![]() ![]() |
-抗体 , 2種, 2分子 CD
#5: 抗体 | 分子量: 22984.068 Da / 分子数: 1 / Fragment: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#6: 抗体 | 分子量: 23457.156 Da / 分子数: 1 / Fragment: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-詳細
構成要素の詳細 | HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 (CHAIN A) AND P51 ...HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED |
---|---|
配列の詳細 | THE BOUND DOUBLE-STRANDED DNA IS A 19-MER/18-MER TEMPLATE- PRIMER. BOTH THE TEMPLATE STRAND AND THE ...THE BOUND DOUBLE-STRANDED DNA IS A 19-MER/18-MER TEMPLATE- PRIMER. BOTH THE TEMPLATE STRAND AND THE PRIMER STRAND ARE NUMBERED IN THE 5'-3' DIRECTION. THE FIRST NUCLEOTIDE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.6 % 解説: INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE USED WAS A MODIFIED VERSION OF THE PURDUE OSCILLATION FILM PROCESSING PACKAGE AND DENZO | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jacobo-Molina, A., (1991) Biochemistry, 30, 6351. / pH: 8.8 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 76187 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 125 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|