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- PDB-2hma: The Crystal Structure of tRNA (5-Methylaminomethyl-2-Thiouridylat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hma
タイトルThe Crystal Structure of tRNA (5-Methylaminomethyl-2-Thiouridylate)-Methyltransferase TrmU from Streptococcus pneumoniae
要素Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta / beta barrel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-uridine 2-sulfurtransferase / tRNA-uridine 2-sulfurtransferase activity / tRNA wobble position uridine thiolation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs ...Adenine nucleotide alpha hydrolases-like domains / tRNA-specific 2-thiouridylase / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain superfamily / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, central domain / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA-like, C-terminal domain / tRNA methyl transferase HUP domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domain / tRNA methyl transferase PRC-barrel domain / Translation factors / HUPs / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of tRNA (5-Methylaminomethyl-2-Thiouridylate)-Methyltransferase TrmU from Streptococcus pneumoniae
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9873
ポリマ－42,5641
非ポリマー4232
水4,053225
1
A: Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9736
ポリマ－85,1282
非ポリマー8454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.319, 93.319, 157.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase


分子量: 42563.797 Da / 分子数: 1
断片: tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: trmU / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q97T38, tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris pH=8.5, and 3.5M NaFormate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→44.73 Å / Num. all: 32091 / Num. obs: 31670 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique all: 2791 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.41→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 10.624 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.187
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21661 3118 10 %RANDOM
Rwork0.19049 ---
all0.19315 27925 --
obs0.19315 27925 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.95 Å21.48 Å20 Å2
2--2.95 Å20 Å2
3----4.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2867 0 28 225 3120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9614312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2325403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88724.259162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.19615542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0181522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8521.51965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47723114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08231364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1454.51198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.472 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 216
Rwork0.254 1933
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1995-0.484-0.47681.19631.09533.47890.0622-0.3205-0.0289-0.1107-0.0332-0.1110.28990.3351-0.029-0.23350.08010.008-0.16730.042-0.210529.597424.2173.8805
231.5453-4.8404-2.857810.01952.089615.4190.16330.04-1.336-0.8982-0.22680.99520.9221-0.11150.0635-0.002-0.03-0.01470.01580.02170.007929.931232.328310.8882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 3735 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2AC3751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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