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- PDB-2hlq: Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Type II BMP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hlq
タイトルCrystal Structure of the Extracellular Domain of the Type II BMP Receptor
要素Bone morphogenetic protein receptor type-2
キーワードTRANSFERASE / receptor / serine kinase / three-finger toxin / ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


semi-lunar valve development / negative regulation of chondrocyte proliferation / regulation of lung blood pressure / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / pulmonary valve development / chondrocyte development / tricuspid valve morphogenesis / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / aortic valve development ...semi-lunar valve development / negative regulation of chondrocyte proliferation / regulation of lung blood pressure / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / pulmonary valve development / chondrocyte development / tricuspid valve morphogenesis / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / aortic valve development / BMP binding / negative regulation of muscle cell differentiation / venous blood vessel development / atrial septum morphogenesis / proteoglycan biosynthetic process / maternal placenta development / endochondral bone morphogenesis / positive regulation of cartilage development / endocardial cushion development / transforming growth factor beta receptor activity / lymphangiogenesis / mitral valve morphogenesis / BMP receptor activity / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / lung vasculature development / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of ossification / negative regulation of systemic arterial blood pressure / endothelial cell proliferation / limb development / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / negative regulation of vasoconstriction / growth factor binding / lung alveolus development / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / outflow tract morphogenesis / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / blood vessel remodeling / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / clathrin-coated pit / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / cellular response to starvation / adherens junction / stem cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell growth / caveola / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / regulation of cell population proliferation / cell differentiation / receptor complex / postsynaptic density / apical plasma membrane / cadherin binding / axon / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein receptor type-2 / Bone morphogenetic protein receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Mace, P.D. / Cutfield, J.F. / Cutfield, S.M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: High resolution structures of the bone morphogenetic protein type II receptor in two crystal forms: Implications for ligand binding
著者: Mace, P.D. / Cutfield, J.F. / Cutfield, S.M.
履歴
登録2006年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein receptor type-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1461
ポリマ－11,1461
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.588, 45.078, 48.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type-2 / Bone morphogenetic receptor type II / BMPRII


分子量: 11146.431 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: BMPRII / プラスミド: PET21A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4ZG08, UniProt: Q13873*PLUS, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Na Citrate, 15% PEG1500, 0.2M Mg acetate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 9.7 / 数: 52347 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / D res high: 1.45 Å / D res low: 27.932 Å / Num. obs: 13746 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
4.5932.9295.910.0280.0283.5
3.244.5997.510.0250.0253.5
2.653.2498.910.0340.0343.6
2.292.6599.310.0420.0423.8
2.052.2999.110.0520.0523.8
1.872.0599.210.0750.0753.9
1.731.8797.810.1190.1193.9
1.621.7398.310.1970.1973.9
1.531.6297.210.2680.2684
1.451.5387.110.3780.3783.7
反射解像度: 1.45→27.932 Å / Num. obs: 13746 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.533.70.3781.1641117440.37887.1
1.53-1.6240.2682.7748118890.26897.2
1.62-1.733.90.1973.8702317800.19798.3
1.73-1.873.90.1196.1659816790.11997.8
1.87-2.053.90.0758.4597215440.07599.2
2.05-2.293.80.05211.4546014190.05299.1
2.29-2.653.80.04215.7480012700.04299.3
2.65-3.243.60.03415.5394810870.03498.9
3.24-4.593.50.02522.429158340.02597.5
4.59-32.923.50.02819.917395000.02895.9

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.63 Å22.54 Å
Translation1.63 Å22.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HLR

2hlr


解像度: 1.45→22.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.734 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23159 707 5.2 %RANDOM
Rwork0.19017 ---
obs0.1923 13003 96.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数812 0 0 92 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9271155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833.0061366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.775111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85825.12241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34215136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.71153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4111.5690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3451.5214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.732847
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2593417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.794.5304
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.54431847
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.046393
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.79131370
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 33 -
Rwork0.194 756 -
obs--77.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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