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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hlc | ||||||
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タイトル | HL COLLAGENASE STRUCTURE AT 1.7A RESOLUTION | ||||||
![]() | COLLAGENASE![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Broutin, I. / Merigeau, K. / Arnoux, B. / Ducruix, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.8 A structure of Hypoderma lineatum collagenase: a member of the serine proteinase family. 著者: Broutin, I. / Arnoux, B. / Riche, C. / Lecroisey, A. / Keil, B. / Pascard, C. / Ducruix, A. #1: ![]() タイトル: Collagenase-Collagenase Interactions, a Descriptor for the Mapping of the Binding Site 著者: Broutin, I. / Merigeau, K. / Arnoux, B. / Ducruix, A. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Analyses of Lysozyme and Collagenase Space Grown Crystals Versus Ground Controls 著者: Broutin, I. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25247.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P08897, ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: vapor diffusion - hanging drop in microgravity / pH: 7 詳細: PROTEIN CONCENTRATION WAS 10MG/ML. IT WAS CRYSTALLIZED IN 1.4M AMMONIUM SULFATE BY HANGING DROP METHOD IN APCF REACTORS UNDER MICROGRAVITY (IML2 MISSION)., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop in microgravity | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / 手法: microdialysis / 詳細: or vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 54909 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.18 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.478 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HYL 解像度: 1.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.3428 |