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- PDB-2hk5: Hck Kinase in Complex with Lck targetted Inhibitor PG-1009247 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hk5
タイトルHck Kinase in Complex with Lck targetted Inhibitor PG-1009247
要素Tyrosine-protein kinase HCK
キーワードTRANSFERASE / Hck / Src-family / Kinase Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization ...leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / regulation of podosome assembly / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / mesoderm development / FCGR activation / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / transport vesicle / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of signaling by CBL / non-specific protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / cytoskeleton / lysosome / cell adhesion / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1BM / Tyrosine-protein kinase HCK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Sabat, M.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: The development of 2-benzimidazole substituted pyrimidine based inhibitors of lymphocyte specific kinase (Lck).
著者: Sabat, M. / VanRens, J.C. / Laufersweiler, M.J. / Brugel, T.A. / Maier, J. / Golebiowski, A. / De, B. / Easwaran, V. / Hsieh, L.C. / Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Evdokimov, A. / Janusz, M.J.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年4月15日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase HCK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4022
ポリマ－30,9711
非ポリマー4321
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.977, 96.977, 69.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK / p59-HCK/p60-HCK / Hemopoietic cell kinase


分子量: 30970.830 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domian (Residues 246-513) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1BM / 3-{[2-(1H-BENZIMIDAZOL-1-YL)-6-{[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]AMINO}PYRIMIDIN-4-YL]AMINO}-4-METHYLPHENOL / 3-[[2-(1H-ベンゾイミダゾ-ル-1-イル)-6-[[2-(ジエチルアミノ)エチル]アミノ]-4-ピリミジニル](以下略)


分子量: 431.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5-3.0M Ammonium Sulfate or Sodium Formate or 18 - 28% PEG 10K + 0.1M HEPES or Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 4.5 / 数: 89396 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Χ2: 1.33 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23300 / % possible obs: 91.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.585095.210.0832.1364.4
3.634.5897.810.081.4864.5
3.173.6398.210.1361.6324.5
2.883.1798.610.2291.3944.4
2.682.889910.3471.184.4
2.522.6899.210.4491.1054.3
2.392.5298.210.5071.0753.9
2.292.3995.210.5461.1043.5
2.22.2991.210.5731.0743.1
2.132.283.110.5780.9742.9
2.062.1374.210.6490.932.7
22.0666.910.7540.872.4
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23300 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.062.40.75414090.87166.9
2.06-2.132.70.64915610.93174.2
2.13-2.22.90.57817490.974183.1
2.2-2.293.10.57319261.074191.2
2.29-2.393.50.54620141.104195.2
2.39-2.523.90.50720661.075198.2
2.52-2.684.30.44921081.105199.2
2.68-2.884.40.34721001.18199
2.88-3.174.40.22921011.394198.6
3.17-3.634.50.13620861.632198.2
3.63-4.584.50.0820911.486197.8
4.58-504.40.08320892.136195.2

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.404 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.592 / Cor.coef. Io to Ic: 0.289
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å84.515 Å
Translation3 Å84.515 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Hck internal

解像度: 2→39.9 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2502 112 5% random
Rwork0.1981 --
all0.2014 25438 -
obs0.2 22107 -
原子変位パラメータBiso mean: 25.187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 32 231 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.483
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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