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- PDB-2hk3: Crystal structure of mevalonate diphosphate decarboxylase from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hk3
タイトルCrystal structure of mevalonate diphosphate decarboxylase from Staphylococcus aureus (orthorhombic form)
要素Diphosphomevalonate decarboxylase
キーワードLYASE / mevalonate diphosphate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily ...Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Byres, E. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Trypanosoma brucei and Staphylococcus aureus Mevalonate Diphosphate Decarboxylase Inform on the Determinants of Specificity and Reactivity
著者: Byres, E. / Alphey, M.S. / Smith, T.K. / Hunter, W.N.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphomevalonate decarboxylase
B: Diphosphomevalonate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7502
ポリマ－74,7502
非ポリマー00
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.021, 126.036, 135.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 327 / Label seq-ID: 5 - 331

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a dimer. There is one biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

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要素

#1: タンパク質 Diphosphomevalonate decarboxylase / Mevalonate diphosphate decarboxylase


分子量: 37375.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mvaD / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2FJ52, UniProt: Q9FD84*PLUS, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 1.8M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 5 / 数: 323698 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / D res high: 2.3 Å / D res low: 136.083 Å / Num. obs: 41319 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
7.2741.7899.510.0860.0866.3
5.147.2710010.0860.0867.5
4.25.1410010.0840.0847.6
3.644.210010.0810.0817.8
3.253.6410010.090.097.9
2.973.2510010.1050.1057.9
2.752.9710010.1290.1298
2.572.7510010.1650.1658
2.422.5710010.2030.2038
2.32.4210010.2440.2448
反射解像度: 2.3→41.77 Å / Num. all: 41319 / Num. obs: 41319 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.4280.24434743759490.244100
2.42-2.5780.2033.64464556000.203100
2.57-2.7580.1654.34225152920.165100
2.75-2.9780.1295.33961049680.129100
2.97-3.257.90.1056.13622145600.105100
3.25-3.647.90.096.63281541540.09100
3.64-4.27.80.0816.72874936960.081100
4.2-5.147.60.0846.32394531380.084100
5.14-7.277.50.0865.91872924980.086100
7.27-41.786.30.0864.8929614640.08699.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.41 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.696
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å41.78 Å
Translation3 Å41.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HK2

2hk2


解像度: 2.3→41.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 6.069 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2079 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.201 41319 --
obs0.198 41319 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5250 0 0 425 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.9487232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7745660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31125.116258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.60515956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.1221524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.22628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.53391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51125284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50532254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9424.51948
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1308MEDIUM POSITIONAL0.090.5
1282LOOSE POSITIONAL0.35
1308MEDIUM THERMAL0.632
1282LOOSE THERMAL1.5110
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 138 -
Rwork0.218 2834 -
obs-2972 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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