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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hjm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a singleton protein PF1176 from P. furiosus | ||||||
要素 | Hypothetical protein PF1176 | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / Singleton protein pf1176 / SECSG / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | protein pf1176 like / Domain of unknown function, DUF3216 / Pf1176-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3216) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, L.Q. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a singleton protein PF1176 from P. furiosus 著者: Rose, J.P. / Liu, Z.-J. / Wang, B.-C. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hjm.cif.gz | 72.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hjm.ent.gz | 57.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hjm_validation.pdf.gz | 425 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hjm_full_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hjm_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hjm_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12043.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: pf1176 / プラスミド: pf1176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1N0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2 詳細: 100mM Na3 Citrate pH 5.2, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日 / 詳細: Rosenbaum |
放射 | モノクロメーター: SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 12787 / Num. obs: 12787 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 1242 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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