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- PDB-2hjm: Crystal structure of a singleton protein PF1176 from P. furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hjm
タイトルCrystal structure of a singleton protein PF1176 from P. furiosus
要素Hypothetical protein PF1176
キーワードstructural genomics / unknown function / Singleton protein pf1176 / SECSG / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
機能・相同性protein pf1176 like / Domain of unknown function, DUF3216 / Pf1176-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3216) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DUF3216 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, L.Q. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a singleton protein PF1176 from P. furiosus
著者: Rose, J.P. / Liu, Z.-J. / Wang, B.-C.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PF1176
B: Hypothetical protein PF1176
C: Hypothetical protein PF1176
D: Hypothetical protein PF1176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1744
ポリマ－48,1744
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Hypothetical protein PF1176
D: Hypothetical protein PF1176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0872
ポリマ－24,0872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
3
A: Hypothetical protein PF1176
B: Hypothetical protein PF1176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0872
ポリマ－24,0872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical protein PF1176
C: Hypothetical protein PF1176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0872
ポリマ－24,0872
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
5
B: Hypothetical protein PF1176

D: Hypothetical protein PF1176


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0872
ポリマ－24,0872
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_644-x+1,y-1/2,-z-1/21
Buried area1800 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.680, 64.240, 111.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein PF1176


分子量: 12043.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: pf1176 / プラスミド: pf1176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1N0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 100mM Na3 Citrate pH 5.2, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日 / 詳細: Rosenbaum
放射モノクロメーター: SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 12787 / Num. obs: 12787 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 1242 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCA2STRUCTUREモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCA2STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 1437 -Random
Rwork0.2276 ---
all0.23 19286 --
obs0.23 18779 97.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2585 0 0 2 2587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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