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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hjd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a second quorum sensing antiactivator TraM2 from A. tumefaciens strain A6 | ||||||
![]() | Quorum-sensing antiactivator | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / 4 helix coiled coil | ||||||
機能・相同性 | Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Helix Hairpins / negative regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Quorum-sensing antiactivator![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure and Mechanism of TraM2, a Second Quorum-Sensing Antiactivator of Agrobacterium tumefaciens Strain A6. 著者: Chen, G. / Wang, C. / Fuqua, C. / Zhang, L.H. / Chen, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rfyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer, consisting of either chains A and B, or chains C and D |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11141.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: traM2 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM TrisHCl, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT, 25% ethylene glycol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 32820 / Num. obs: 32632 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1RFY 解像度: 2.1→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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