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万見
- PDB-2hjd: Crystal structure of a second quorum sensing antiactivator TraM2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hjd
タイトルCrystal structure of a second quorum sensing antiactivator TraM2 from A. tumefaciens strain A6
要素Quorum-sensing antiactivator
キーワードSIGNALING PROTEIN / 4 helix coiled coil
機能・相同性Transcriptional repressor TraM / Transcriptional repressor TraM superfamily / Prokaryotic Transcriptional repressor TraM / HR1 repeat / Helix Hairpins / negative regulation of DNA-templated transcription / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Quorum-sensing antiactivator
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, L.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure and Mechanism of TraM2, a Second Quorum-Sensing Antiactivator of Agrobacterium tumefaciens Strain A6.
著者: Chen, G. / Wang, C. / Fuqua, C. / Zhang, L.H. / Chen, L.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quorum-sensing antiactivator
B: Quorum-sensing antiactivator
C: Quorum-sensing antiactivator
D: Quorum-sensing antiactivator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5674
ポリマ－44,5674
非ポリマー00
水5,531307
1
A: Quorum-sensing antiactivator
B: Quorum-sensing antiactivator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2842
ポリマ－22,2842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
2
C: Quorum-sensing antiactivator
D: Quorum-sensing antiactivator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2842
ポリマ－22,2842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.521, 79.521, 90.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細The biological assembly is a homodimer, consisting of either chains A and B, or chains C and D

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要素

#1: タンパク質
Quorum-sensing antiactivator


分子量: 11141.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: traM2 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q20HX4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM TrisHCl, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT, 25% ethylene glycol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月31日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 32820 / Num. obs: 32632 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RFY

1rfy


解像度: 2.1→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.268 2525 random
Rwork0.229 --
all-32820 -
obs-31523 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2677 0 0 307 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 403 -
Rwork0.266 --
obs-4590 92.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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