[日本語] English
万見
- PDB-2hj3: Structure of the Arabidopsis Thaliana Erv1 Thiol Oxidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hj3
タイトルStructure of the Arabidopsis Thaliana Erv1 Thiol Oxidase
要素Sulfhydryl oxidase Erv1p
キーワードOXIDOREDUCTASE / four-helix bundle / flavin adenine dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / thiol oxidase activity / protein-disulfide reductase activity / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase ALR/ERV / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1 / FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Vitu, E. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Gain of Function in an ERV/ALR Sulfhydryl Oxidase by Molecular Engineering of the Shuttle Disulfide.
著者: Vitu, E. / Bentzur, M. / Lisowsky, T. / Kaiser, C.A. / Fass, D.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sulfhydryl oxidase Erv1p
B: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,53316
ポリマ－28,8092
非ポリマー2,72414
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
2
A: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子

A: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子

B: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子

B: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,06532
ポリマ－57,6184
非ポリマー5,44828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation8_445x-y-1,-y-1,-z1
Buried area15220 Å2
ΔGint-378 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
3
A: Sulfhydryl oxidase Erv1p
B: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子

A: Sulfhydryl oxidase Erv1p
B: Sulfhydryl oxidase Erv1p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,06532
ポリマ－57,6184
非ポリマー5,44828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area15340 Å2
ΔGint-371 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.840, 82.840, 160.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is the dimer of chains A and B.

-
要素

#1: タンパク質 Sulfhydryl oxidase Erv1p


分子量: 14404.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pet15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 plys S / 参照: UniProt: Q8LC15, UniProt: Q8GXX0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.4
詳細: 17% PEG 4000, 0.1M sodium acetate,0.5M ammonium sulfate, pH 2.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11201
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンESRF BM1420.979344, 0.979576, 0.911644
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2005年1月1日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年9月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.9793441
30.9795761
40.9116441
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 11915 / Num. obs: 11820 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.505 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 844 random
Rwork0.228 --
all-11915 -
obs-11820 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 166 117 1929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る