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- PDB-2hf9: Crystal structure of HypB from Methanocaldococcus jannaschii in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hf9
タイトルCrystal structure of HypB from Methanocaldococcus jannaschii in the triphosphate form
要素Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB
キーワードHYDROLASE / Metal Binding Protein / alpha and beta protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / protein maturation / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydrogenase maturation factor HypB / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Probable hydrogenase maturation factor HypB
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gasper, R. / Scrima, A. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural insights into HypB, a GTP-binding protein that regulates metal binding.
著者: Gasper, R. / Scrima, A. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2006年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB
B: Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7668
ポリマ－49,5082
非ポリマー1,2586
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
2
A: Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB
ヘテロ分子

B: Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7668
ポリマ－49,5082
非ポリマー1,2586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.463, 68.107, 155.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is composed of chain A and B

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要素

#1: タンパク質 Probable hydrogenase nickel incorporation protein hypB


分子量: 24753.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: hypB / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q57884
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 150 mM maleic acid disodium salt, 42.5 mM HCl, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9758 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9758 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 20.54 / 数: 194237 / Rmerge(I) obs: 0.048 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 51141 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
2.12.293.110.084
2.22.398.810.092
2.32.499.210.087
2.42.599.410.079
2.72.899.610.053
2.52.699.610.066
2.62.799.810.06
2.82.999.810.048
2.9399.910.046
33.599.810.039
3.5499.910.038
4599.910.051
5699.810.05
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 51141 / Num. obs: 51141 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.484 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.54
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. measured obs: 13086 / Num. unique all: 6342 / % possible all: 93.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / 反射: 27579
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se16.9620.0610.1320.2480.93
2Se16.8310.210.4130.1960.902
3Se20.5450.8840.590.2010.998
4Se17.2630.7740.2770.1860.883
5Se15.3560.8180.1920.1330.87
6Se21.0620.9870.1430.1070.849
7Se14.0140.2410.4460.1340.785
8Se23.4120.280.1180.1640.9
9Se20.5930.7790.5250.1050.71
10Se26.6050.120.4640.0860.863
11Se22.1320.3610.0540.0270.553
12Se23.330.0510.2750.0580.392
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.31-200.431466
4.7-7.310.422343
3.7-4.70.452927
3.15-3.70.473423
2.79-3.150.453837
2.52-2.790.424209
2.33-2.520.334539
2.17-2.330.264835
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.62 / 反射: 27579 / Reflection acentric: 24064 / Reflection centric: 3515
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6-19.9290.880.920.791278890388
3.8-60.90.920.7837753096679
3-3.80.860.890.746584035623
2.6-30.770.80.646324099533
2.3-2.60.640.660.4981937362831
2.1-2.30.50.510.3650434582461

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry: 2Hf8

2hf8


解像度: 1.9→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.336 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3723 10 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.22 37222 --
obs-37222 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 68 174 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1042.0114522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2695418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36826.324136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06915662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.22273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1620.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.52158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73323346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03231332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7324.51176
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 265 -
Rwork0.242 2381 -
obs-2646 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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